More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpAngola_A1211 on replicon NC_010159
Organism: Yersinia pestis Angola



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 		 321 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 		 355 aa  740    Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 		 321 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  93.46 
 
 		 321 aa  621  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  90.65 
 
 		 321 aa  608  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  88.79 
 
 		 321 aa  604  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  90.34 
 
 		 321 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  88.79 
 
 		 321 aa  597  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 		 321 aa  594  1e-169  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.54 
 
 		 321 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.54 
 
 		 321 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.54 
 
 		 321 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.54 
 
 		 321 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.54 
 
 		 321 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.23 
 
 		 321 aa  586  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  68.54 
 
 		 322 aa  472  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  67.19 
 
 		 332 aa  456  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  67.5 
 
 		 323 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  68.22 
 
 		 331 aa  444  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  66.04 
 
 		 333 aa  444  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  67.29 
 
 		 331 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  64.67 
 
 		 327 aa  431  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  66.88 
 
 		 322 aa  427  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  65.62 
 
 		 322 aa  421  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  65.31 
 
 		 322 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  65.31 
 
 		 322 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  65.62 
 
 		 322 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  65.62 
 
 		 322 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3443  nifR3 family TIM-barrel protein  65.42 
 
 		 322 aa  423  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000354075  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  64.67 
 
 		 319 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  65.62 
 
 		 322 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  65.31 
 
 		 322 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.31 
 
 		 322 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  65 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  65.02 
 
 		 322 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000101066  normal  0.0204748 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002194  tRNA dihydrouridine synthase B  66.43 
 
 		 287 aa  412  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000238553  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4118  nifR3 family TIM-barrel protein  65.63 
 
 		 322 aa  411  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169739  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  58.86 
 
 		 338 aa  408  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  63.44 
 
 		 322 aa  408  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0390  nifR3 family TIM-barrel protein  64.38 
 
 		 322 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000241249  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  62.31 
 
 		 332 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  61.06 
 
 		 337 aa  398  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  61.64 
 
 		 337 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  61.64 
 
 		 337 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  61.64 
 
 		 337 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  62.26 
 
 		 337 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.19 
 
 		 343 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  61.2 
 
 		 332 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  59.32 
 
 		 350 aa  373  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  60.88 
 
 		 332 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  60.97 
 
 		 322 aa  371  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  58.26 
 
 		 355 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  57.94 
 
 		 354 aa  366  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.26 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  61.08 
 
 		 332 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  57.32 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.19 
 
 		 355 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  58.26 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.52 
 
 		 381 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.26 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  58.26 
 
 		 355 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  58.26 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.19 
 
 		 355 aa  364  1e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  58.62 
 
 		 322 aa  364  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  56.39 
 
 		 357 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  59.75 
 
 		 337 aa  362  6e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.7 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  56.7 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  59.75 
 
 		 337 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.73 
 
 		 356 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  56.7 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  59.43 
 
 		 336 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.7 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.7 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.7 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.56 
 
 		 331 aa  359  3e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  56.56 
 
 		 356 aa  359  4e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.52 
 
 		 346 aa  358  6e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.84 
 
 		 337 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  56.92 
 
 		 327 aa  355  6.999999999999999e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.32 
 
 		 352 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  55.94 
 
 		 332 aa  354  1e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.52 
 
 		 352 aa  352  4e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.07 
 
 		 354 aa  352  5e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  55.86 
 
 		 336 aa  351  8.999999999999999e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  54.8 
 
 		 353 aa  349  4e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  57.23 
 
 		 338 aa  348  6e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  54.91 
 
 		 356 aa  347  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.39 
 
 		 354 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.6 
 
 		 343 aa  346  4e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.31 
 
 		 338 aa  344  1e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.11 
 
 		 353 aa  343  2e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>