More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0914 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
347 aa  701    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.59 
 
 
321 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  70 
 
 
324 aa  464  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.28 
 
 
321 aa  461  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  67.7 
 
 
325 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.48 
 
 
325 aa  372  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  59.55 
 
 
329 aa  361  9e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  52.76 
 
 
342 aa  350  2e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  44.16 
 
 
324 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  44.03 
 
 
319 aa  278  8e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.96 
 
 
320 aa  276  3e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.14 
 
 
326 aa  276  4e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.14 
 
 
326 aa  276  4e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  45.78 
 
 
318 aa  275  8e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.48 
 
 
333 aa  274  1.0000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  43.69 
 
 
347 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  41.4 
 
 
322 aa  273  3e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.06 
 
 
332 aa  264  1e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.06 
 
 
332 aa  263  4e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.37 
 
 
322 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.95 
 
 
347 aa  263  4.999999999999999e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.06 
 
 
332 aa  261  1e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.06 
 
 
332 aa  261  1e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.43 
 
 
332 aa  260  2e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.68 
 
 
320 aa  261  2e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  41.43 
 
 
332 aa  260  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.43 
 
 
332 aa  260  2e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.43 
 
 
332 aa  260  2e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.01 
 
 
332 aa  261  2e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  41.59 
 
 
326 aa  260  3e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.24 
 
 
332 aa  259  3e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.83 
 
 
334 aa  258  8e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.61 
 
 
328 aa  258  9e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  43.69 
 
 
336 aa  258  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.03 
 
 
333 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.19 
 
 
337 aa  256  4e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.32 
 
 
352 aa  255  9e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  42.22 
 
 
324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  42.22 
 
 
324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.94 
 
 
343 aa  252  7e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  39.44 
 
 
325 aa  251  1e-65  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.7 
 
 
351 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  45.12 
 
 
352 aa  248  1e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.59 
 
 
353 aa  248  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.94 
 
 
327 aa  247  2e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.06 
 
 
331 aa  247  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.06 
 
 
333 aa  246  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  40.12 
 
 
354 aa  245  9e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.47 
 
 
351 aa  245  9.999999999999999e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.64 
 
 
317 aa  244  9.999999999999999e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  43.03 
 
 
350 aa  244  9.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  39.82 
 
 
355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.82 
 
 
355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  42.76 
 
 
347 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42.9 
 
 
332 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.51 
 
 
355 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.9 
 
 
332 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.94 
 
 
337 aa  242  6e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.38 
 
 
354 aa  242  6e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.88 
 
 
332 aa  242  6e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.2 
 
 
381 aa  242  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.51 
 
 
355 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  39.51 
 
 
355 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  39.51 
 
 
355 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 
362 aa  241  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.31 
 
 
326 aa  241  2e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.68 
 
 
317 aa  239  5e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  42.09 
 
 
322 aa  239  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.13 
 
 
348 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
357 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.56 
 
 
356 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  38.91 
 
 
334 aa  238  2e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
358 aa  236  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  43.04 
 
 
334 aa  237  3e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.25 
 
 
355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  39.56 
 
 
355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.25 
 
 
355 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  45.42 
 
 
327 aa  235  9e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  39.25 
 
 
356 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.39 
 
 
330 aa  234  1.0000000000000001e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  43.73 
 
 
373 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  37.38 
 
 
335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  40.44 
 
 
308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.56 
 
 
354 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.38 
 
 
393 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.56 
 
 
332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
346 aa  233  5e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.56 
 
 
352 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.64 
 
 
336 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.07 
 
 
352 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.28 
 
 
327 aa  230  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  42.36 
 
 
348 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  41.31 
 
 
306 aa  230  3e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  41.31 
 
 
306 aa  230  3e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  41.74 
 
 
332 aa  229  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  42.01 
 
 
337 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 
357 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  40.58 
 
 
332 aa  229  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 
338 aa  229  6e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.66 
 
 
331 aa  228  8e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>