More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0127 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
334 aa  672    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.97 
 
 
322 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  56.15 
 
 
319 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  53.14 
 
 
318 aa  335  5.999999999999999e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  47.6 
 
 
347 aa  334  1e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  48.59 
 
 
322 aa  327  1.0000000000000001e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.73 
 
 
334 aa  316  3e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.25 
 
 
328 aa  316  4e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.48 
 
 
333 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  50.96 
 
 
332 aa  309  4e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  44.73 
 
 
333 aa  309  5e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.48 
 
 
326 aa  308  6.999999999999999e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  47.66 
 
 
324 aa  307  2.0000000000000002e-82  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.34 
 
 
320 aa  305  5.0000000000000004e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  49.68 
 
 
332 aa  305  7e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.36 
 
 
332 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  49.36 
 
 
332 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.36 
 
 
332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  49.36 
 
 
332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  49.04 
 
 
332 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.04 
 
 
332 aa  302  5.000000000000001e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  45.85 
 
 
326 aa  302  6.000000000000001e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  45.85 
 
 
326 aa  302  6.000000000000001e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.36 
 
 
332 aa  301  7.000000000000001e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  49.19 
 
 
324 aa  299  4e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  49.19 
 
 
324 aa  299  4e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.3 
 
 
321 aa  281  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.63 
 
 
321 aa  279  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  42.72 
 
 
308 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.97 
 
 
321 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  43.84 
 
 
335 aa  272  5.000000000000001e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  44.76 
 
 
325 aa  272  7e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  42.59 
 
 
325 aa  271  8.000000000000001e-72  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  43.04 
 
 
347 aa  270  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.69 
 
 
324 aa  270  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  41.64 
 
 
334 aa  269  5.9999999999999995e-71  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  42.22 
 
 
342 aa  267  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.61 
 
 
330 aa  265  5.999999999999999e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  42.95 
 
 
325 aa  264  1e-69  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  42.41 
 
 
325 aa  263  3e-69  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  40.51 
 
 
320 aa  262  4.999999999999999e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.61 
 
 
343 aa  262  6e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.78 
 
 
328 aa  260  2e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.12 
 
 
337 aa  260  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  40.51 
 
 
333 aa  258  1e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.8 
 
 
325 aa  256  4e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.8 
 
 
348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.13 
 
 
352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.47 
 
 
327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  43.73 
 
 
333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  42.17 
 
 
350 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  42.77 
 
 
332 aa  251  9.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.4 
 
 
337 aa  251  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.55 
 
 
353 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  45.03 
 
 
336 aa  251  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  41.58 
 
 
326 aa  250  2e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.95 
 
 
354 aa  250  2e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  45.34 
 
 
348 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.95 
 
 
347 aa  248  8e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.21 
 
 
317 aa  248  1e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.68 
 
 
327 aa  248  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 
354 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.42 
 
 
317 aa  248  2e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  43.29 
 
 
322 aa  245  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.94 
 
 
355 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 
355 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 
355 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 
355 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.07 
 
 
355 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.16 
 
 
333 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 
355 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  41.42 
 
 
357 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.84 
 
 
352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.72 
 
 
351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.26 
 
 
355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.72 
 
 
352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.98 
 
 
381 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.48 
 
 
332 aa  243  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  42.01 
 
 
329 aa  243  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  44.23 
 
 
353 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.14 
 
 
327 aa  242  5e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.94 
 
 
355 aa  242  5e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  42.26 
 
 
356 aa  242  7e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.41 
 
 
346 aa  242  7e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.99 
 
 
326 aa  241  1e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.72 
 
 
331 aa  241  1e-62  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.06 
 
 
348 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.06 
 
 
348 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.92 
 
 
331 aa  240  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.44 
 
 
343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.1 
 
 
354 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.1 
 
 
354 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  41.1 
 
 
354 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  41.1 
 
 
354 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.1 
 
 
354 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.1 
 
 
354 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  40.38 
 
 
338 aa  239  4e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.31 
 
 
356 aa  238  8e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.44 
 
 
343 aa  238  9e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.16 
 
 
338 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>