More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_0626 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
326 aa  671    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  45.08 
 
 
326 aa  293  4e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  45.08 
 
 
326 aa  293  4e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  43.45 
 
 
322 aa  268  7e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.51 
 
 
321 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.46 
 
 
324 aa  258  8e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.13 
 
 
320 aa  257  2e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.61 
 
 
325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  41.59 
 
 
333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.74 
 
 
325 aa  252  6e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  41.37 
 
 
347 aa  246  3e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
319 aa  242  5e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.31 
 
 
347 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.06 
 
 
324 aa  236  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.3 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.1 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
328 aa  233  3e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.05 
 
 
334 aa  232  6e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.94 
 
 
318 aa  232  6e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.11 
 
 
346 aa  231  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 
328 aa  231  1e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.74 
 
 
348 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.53 
 
 
325 aa  224  2e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  37.99 
 
 
334 aa  223  4.9999999999999996e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 
347 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  33.23 
 
 
335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.06 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.26 
 
 
333 aa  219  6e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.94 
 
 
332 aa  219  7e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.34 
 
 
308 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 
352 aa  218  8.999999999999998e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.26 
 
 
322 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.14 
 
 
332 aa  216  4e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.14 
 
 
332 aa  216  5e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.14 
 
 
332 aa  216  5e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.79 
 
 
324 aa  215  8e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.79 
 
 
324 aa  215  8e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.79 
 
 
332 aa  215  9e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.79 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.99 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.99 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.06 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.44 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.01 
 
 
358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  35.74 
 
 
329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.67 
 
 
332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.98 
 
 
354 aa  212  5.999999999999999e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.63 
 
 
320 aa  209  6e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  37.84 
 
 
306 aa  209  7e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.33 
 
 
347 aa  209  7e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  37.84 
 
 
306 aa  209  7e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.71 
 
 
330 aa  209  8e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  36.62 
 
 
347 aa  207  1e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 
343 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  35.62 
 
 
348 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.48 
 
 
388 aa  206  3e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 
341 aa  206  4e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  33.97 
 
 
336 aa  206  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 
333 aa  204  1e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.17 
 
 
357 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.8 
 
 
345 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.04 
 
 
379 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  35 
 
 
322 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2019  dihydrouridine synthase DuS  33.56 
 
 
351 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  34.8 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  34.28 
 
 
373 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.16 
 
 
393 aa  201  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  35.83 
 
 
349 aa  200  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.04 
 
 
318 aa  200  3e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  36.67 
 
 
332 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.98 
 
 
351 aa  199  5e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  34 
 
 
332 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  34 
 
 
332 aa  198  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  36.09 
 
 
337 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.25 
 
 
320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.16 
 
 
329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  34.39 
 
 
355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  34.91 
 
 
325 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.62 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  29.94 
 
 
326 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  36.71 
 
 
320 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.94 
 
 
336 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  31.92 
 
 
328 aa  196  6e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.38 
 
 
332 aa  196  6e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.23 
 
 
351 aa  195  9e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  33.68 
 
 
327 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.18 
 
 
333 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  34.81 
 
 
319 aa  195  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  35.22 
 
 
337 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  35.44 
 
 
322 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
332 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.85 
 
 
333 aa  193  3e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  35.48 
 
 
334 aa  193  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  34.56 
 
 
338 aa  193  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  34.91 
 
 
337 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  37.18 
 
 
305 aa  193  4e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.49 
 
 
352 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.18 
 
 
323 aa  192  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.14 
 
 
322 aa  192  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>