More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NSE_0373 on replicon NC_007798
Organism: Neorickettsia sennetsu str. Miyayama



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 
331 aa  691    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  62.62 
 
 
320 aa  409  1e-113  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  63.99 
 
 
317 aa  410  1e-113  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  61.83 
 
 
317 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  53.53 
 
 
333 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.43 
 
 
351 aa  347  2e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.14 
 
 
353 aa  335  7e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.27 
 
 
332 aa  335  7.999999999999999e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  50.91 
 
 
353 aa  323  3e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.08 
 
 
343 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.22 
 
 
346 aa  301  8.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.45 
 
 
381 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.28 
 
 
337 aa  297  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  44.72 
 
 
350 aa  298  1e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  48.79 
 
 
332 aa  297  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.1 
 
 
337 aa  297  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.42 
 
 
355 aa  295  5e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  44.81 
 
 
322 aa  296  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.75 
 
 
332 aa  295  7e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.42 
 
 
355 aa  295  8e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  46.08 
 
 
356 aa  293  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.81 
 
 
356 aa  292  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.63 
 
 
331 aa  291  1e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.4 
 
 
328 aa  290  3e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  46.41 
 
 
336 aa  288  8e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  43.79 
 
 
354 aa  287  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  44.41 
 
 
355 aa  287  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.65 
 
 
347 aa  287  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  50.69 
 
 
341 aa  286  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.79 
 
 
315 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.87 
 
 
332 aa  286  5e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  47.93 
 
 
327 aa  285  9e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  43.79 
 
 
355 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.76 
 
 
355 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.81 
 
 
327 aa  284  1.0000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  43.79 
 
 
355 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  44.76 
 
 
355 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  44.76 
 
 
355 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.76 
 
 
355 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.59 
 
 
338 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  45.54 
 
 
343 aa  283  4.0000000000000003e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.54 
 
 
343 aa  282  5.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.48 
 
 
354 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  43.48 
 
 
354 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  43.48 
 
 
354 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  44.9 
 
 
357 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.48 
 
 
354 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.48 
 
 
354 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.48 
 
 
354 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.83 
 
 
337 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.83 
 
 
333 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  43.83 
 
 
332 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  43.83 
 
 
332 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  43.48 
 
 
347 aa  279  5e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  47.13 
 
 
338 aa  278  9e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.43 
 
 
336 aa  276  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  47.28 
 
 
333 aa  277  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.79 
 
 
352 aa  277  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.27 
 
 
338 aa  277  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  45.21 
 
 
356 aa  276  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  49.46 
 
 
349 aa  275  8e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  45.98 
 
 
337 aa  275  8e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 
349 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  45.13 
 
 
332 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.25 
 
 
352 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.98 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.9 
 
 
353 aa  273  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  48.6 
 
 
332 aa  273  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  45.19 
 
 
337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  46.26 
 
 
353 aa  272  6e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  46.6 
 
 
333 aa  271  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  43.89 
 
 
346 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  44.98 
 
 
337 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  44.98 
 
 
337 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  44.59 
 
 
353 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.06 
 
 
333 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.48 
 
 
354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.94 
 
 
354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  44.98 
 
 
337 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  47.92 
 
 
353 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  47.22 
 
 
354 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.79 
 
 
321 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.69 
 
 
322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.37 
 
 
343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  42.32 
 
 
338 aa  266  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.9 
 
 
321 aa  266  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  44.01 
 
 
337 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.54 
 
 
349 aa  266  5e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4118  nifR3 family TIM-barrel protein  44.48 
 
 
322 aa  265  7e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169739  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  44.48 
 
 
320 aa  265  7e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.23 
 
 
321 aa  265  8.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  43.75 
 
 
350 aa  264  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  43.41 
 
 
319 aa  264  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  46.94 
 
 
348 aa  265  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.9 
 
 
321 aa  263  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.79 
 
 
356 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  44.84 
 
 
354 aa  264  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.81 
 
 
327 aa  263  4e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  48.16 
 
 
317 aa  262  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  48 
 
 
356 aa  262  6e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>