More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2588 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  100 
 
 
353 aa  708    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  90.34 
 
 
354 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  82.28 
 
 
333 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  75.77 
 
 
356 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  73.16 
 
 
349 aa  509  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  75.08 
 
 
317 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  69.83 
 
 
349 aa  473  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  61.15 
 
 
349 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.28 
 
 
338 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  54.49 
 
 
333 aa  336  2.9999999999999997e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.07 
 
 
347 aa  332  5e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.18 
 
 
315 aa  331  9e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  57.41 
 
 
354 aa  331  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  53.89 
 
 
333 aa  330  2e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  54.98 
 
 
337 aa  328  7e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  56.21 
 
 
356 aa  327  2.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.15 
 
 
327 aa  325  6e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  56.79 
 
 
332 aa  314  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  52.8 
 
 
345 aa  310  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  55.48 
 
 
358 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.62 
 
 
357 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.69 
 
 
328 aa  305  7e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  51.94 
 
 
350 aa  304  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  56.01 
 
 
341 aa  297  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  55.41 
 
 
342 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.98 
 
 
332 aa  295  7e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.44 
 
 
342 aa  293  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  47.06 
 
 
333 aa  293  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.75 
 
 
351 aa  293  4e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  54.06 
 
 
333 aa  292  5e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  49.3 
 
 
320 aa  286  4e-76  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  49.11 
 
 
353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.71 
 
 
353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  55.96 
 
 
326 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  55.96 
 
 
326 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  52.25 
 
 
349 aa  281  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.1 
 
 
342 aa  281  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  55.79 
 
 
326 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  52.65 
 
 
341 aa  275  7e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  44.89 
 
 
317 aa  271  9e-72  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.68 
 
 
317 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  47.57 
 
 
331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.92 
 
 
332 aa  262  6e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.54 
 
 
362 aa  252  6e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  45.78 
 
 
346 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.72 
 
 
332 aa  251  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  44.95 
 
 
333 aa  249  6e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.99 
 
 
337 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.84 
 
 
352 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.55 
 
 
331 aa  246  4e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  44.95 
 
 
319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.25 
 
 
343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  43.92 
 
 
357 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  47.64 
 
 
356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.26 
 
 
337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.66 
 
 
343 aa  239  5e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.42 
 
 
349 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.97 
 
 
356 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  45.83 
 
 
354 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.3 
 
 
321 aa  239  6.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  44.48 
 
 
332 aa  239  8e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.36 
 
 
343 aa  237  2e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  47.93 
 
 
348 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  42.07 
 
 
355 aa  238  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  42.68 
 
 
355 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.33 
 
 
321 aa  237  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  42.68 
 
 
355 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  43.86 
 
 
338 aa  237  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  45.92 
 
 
353 aa  236  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  45.89 
 
 
350 aa  236  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.99 
 
 
343 aa  236  4e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.68 
 
 
355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  42.68 
 
 
355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  42.68 
 
 
355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.51 
 
 
321 aa  235  8e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.3 
 
 
381 aa  235  8e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  44.18 
 
 
332 aa  235  8e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  44.18 
 
 
332 aa  235  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.05 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.05 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.05 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.68 
 
 
355 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.05 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.05 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.36 
 
 
327 aa  235  1.0000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.95 
 
 
355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.95 
 
 
355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.99 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  46.9 
 
 
332 aa  233  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  44.27 
 
 
336 aa  233  3e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.9 
 
 
353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.39 
 
 
355 aa  233  5e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.55 
 
 
321 aa  232  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.55 
 
 
321 aa  232  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  45.52 
 
 
337 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  45.52 
 
 
338 aa  232  7.000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  44.25 
 
 
356 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.9 
 
 
356 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  44.48 
 
 
337 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  44.48 
 
 
337 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>