More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1277 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 		 332 aa  682    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  77.02 
 
 		 351 aa  506  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  74.17 
 
 		 333 aa  504  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  60.19 
 
 		 320 aa  394  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.83 
 
 		 353 aa  365  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  52.58 
 
 		 317 aa  357  9.999999999999999e-98  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.58 
 
 		 317 aa  352  5e-96  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  57.01 
 
 		 353 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  51.27 
 
 		 331 aa  335  7.999999999999999e-91  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  50.95 
 
 		 336 aa  310  2.9999999999999997e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  50.93 
 
 		 341 aa  298  7e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.62 
 
 		 347 aa  295  8e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  53.98 
 
 		 353 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  53.15 
 
 		 356 aa  293  2e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.84 
 
 		 331 aa  290  3e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  47.83 
 
 		 349 aa  288  7e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.63 
 
 		 333 aa  288  8e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  53.31 
 
 		 354 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.52 
 
 		 338 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  44.3 
 
 		 332 aa  285  9e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.29 
 
 		 332 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  47.79 
 
 		 356 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  55.76 
 
 		 317 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.14 
 
 		 327 aa  279  4e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48 
 
 		 328 aa  278  7e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.2 
 
 		 355 aa  278  9e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.14 
 
 		 346 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.06 
 
 		 332 aa  278  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.2 
 
 		 355 aa  277  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  50.34 
 
 		 332 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.15 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.94 
 
 		 349 aa  277  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  44.48 
 
 		 332 aa  275  7e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.25 
 
 		 315 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  44.48 
 
 		 332 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  43.57 
 
 		 356 aa  273  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  49.32 
 
 		 333 aa  273  3e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.95 
 
 		 381 aa  272  5.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  43.75 
 
 		 354 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.33 
 
 		 357 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  44.48 
 
 		 319 aa  271  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  45.07 
 
 		 350 aa  270  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  43.44 
 
 		 355 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  43.44 
 
 		 355 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.75 
 
 		 355 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  43.44 
 
 		 355 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.44 
 
 		 355 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  43.44 
 
 		 355 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  47.39 
 
 		 350 aa  268  8e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  46.95 
 
 		 327 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  48.65 
 
 		 333 aa  268  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  42.11 
 
 		 343 aa  267  1e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.3 
 
 		 337 aa  268  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  42.81 
 
 		 357 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.11 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.01 
 
 		 356 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  42.81 
 
 		 355 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.75 
 
 		 349 aa  266  4e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  52.54 
 
 		 358 aa  266  4e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.96 
 
 		 337 aa  266  5e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  43.44 
 
 		 337 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  43.44 
 
 		 337 aa  265  8e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  42.73 
 
 		 353 aa  265  8.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.04 
 
 		 349 aa  265  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49 
 
 		 362 aa  264  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.99 
 
 		 347 aa  264  2e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  43.12 
 
 		 337 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  52.46 
 
 		 333 aa  264  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.17 
 
 		 357 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.44 
 
 		 353 aa  263  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  44.67 
 
 		 327 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.38 
 
 		 352 aa  262  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.2 
 
 		 342 aa  261  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.5 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.5 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  42.5 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  42.5 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  43.57 
 
 		 346 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.5 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.5 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  48.07 
 
 		 337 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  48.97 
 
 		 354 aa  260  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  42.01 
 
 		 347 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  43.12 
 
 		 353 aa  259  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.38 
 
 		 328 aa  260  3e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  42.5 
 
 		 337 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  48.23 
 
 		 342 aa  260  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.03 
 
 		 333 aa  259  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  44 
 
 		 356 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  49.65 
 
 		 345 aa  259  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45 
 
 		 356 aa  259  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.05 
 
 		 324 aa  258  8e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.12 
 
 		 352 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 		 333 aa  258  1e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  45.6 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.81 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.85 
 
 		 337 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  44.92 
 
 		 349 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  42.41 
 
 		 338 aa  256  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>