More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0527 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
327 aa  653    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  62.39 
 
 
350 aa  395  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  59.87 
 
 
358 aa  338  7e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.96 
 
 
357 aa  333  3e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  58.47 
 
 
342 aa  328  6e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  52.55 
 
 
353 aa  318  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.79 
 
 
342 aa  318  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.93 
 
 
342 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.45 
 
 
315 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.66 
 
 
338 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.29 
 
 
349 aa  311  6.999999999999999e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  52.24 
 
 
356 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  53.07 
 
 
317 aa  311  9e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  58.75 
 
 
341 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  52.48 
 
 
349 aa  309  4e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  53.11 
 
 
354 aa  309  4e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  51.05 
 
 
354 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.55 
 
 
333 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.06 
 
 
349 aa  301  8.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  51.13 
 
 
337 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  51.66 
 
 
333 aa  295  6e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  51.62 
 
 
332 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.06 
 
 
353 aa  291  1e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  51.06 
 
 
333 aa  290  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  49.39 
 
 
345 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.46 
 
 
351 aa  287  1e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  44.2 
 
 
320 aa  280  2e-74  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  45.45 
 
 
333 aa  279  5e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.84 
 
 
347 aa  278  8e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.24 
 
 
328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.64 
 
 
317 aa  273  3e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  49.54 
 
 
356 aa  271  8.000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  40.33 
 
 
317 aa  271  9e-72  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  51.75 
 
 
349 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  44.81 
 
 
331 aa  263  4e-69  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.69 
 
 
362 aa  259  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  45.66 
 
 
336 aa  260  3e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.26 
 
 
332 aa  255  6e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  51.8 
 
 
333 aa  255  7e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  45 
 
 
332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  48.75 
 
 
341 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.79 
 
 
319 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.75 
 
 
320 aa  250  3e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  45.51 
 
 
354 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  45.51 
 
 
355 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.51 
 
 
355 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  44.85 
 
 
353 aa  247  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.47 
 
 
331 aa  245  6e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  45.2 
 
 
355 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.2 
 
 
355 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  45.2 
 
 
355 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.2 
 
 
355 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  43.96 
 
 
357 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.7 
 
 
327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  44.65 
 
 
338 aa  242  6e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.64 
 
 
346 aa  242  6e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.81 
 
 
321 aa  242  7e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  45.23 
 
 
346 aa  241  9e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.79 
 
 
355 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.79 
 
 
355 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  43.48 
 
 
356 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.74 
 
 
322 aa  241  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.17 
 
 
347 aa  240  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.81 
 
 
343 aa  241  2e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.26 
 
 
352 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.37 
 
 
349 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  44.52 
 
 
327 aa  239  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.38 
 
 
322 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.44 
 
 
332 aa  239  5e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  49.22 
 
 
326 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.34 
 
 
338 aa  238  6.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  43.96 
 
 
355 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.24 
 
 
381 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  43.27 
 
 
322 aa  235  7e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.09 
 
 
353 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  49.24 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.14 
 
 
337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  49.24 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.09 
 
 
353 aa  233  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.65 
 
 
354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  43.65 
 
 
354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  43.65 
 
 
354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.65 
 
 
354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.65 
 
 
354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.65 
 
 
354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  43.79 
 
 
332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  43.79 
 
 
332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  46.71 
 
 
327 aa  232  6e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.96 
 
 
352 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.96 
 
 
354 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  41.69 
 
 
332 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  45.22 
 
 
353 aa  231  9e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.93 
 
 
323 aa  231  9e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.34 
 
 
356 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  44.65 
 
 
356 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.61 
 
 
356 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  44.44 
 
 
356 aa  230  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
333 aa  230  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.75 
 
 
326 aa  229  6e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.75 
 
 
326 aa  229  6e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>