More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4401 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
345 aa  676    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.69 
 
 
333 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  52.8 
 
 
353 aa  335  7e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  52.98 
 
 
354 aa  331  9e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.65 
 
 
349 aa  330  2e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  51.63 
 
 
356 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  52.2 
 
 
317 aa  316  4e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.48 
 
 
349 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  54.7 
 
 
349 aa  309  4e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.23 
 
 
327 aa  309  5e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  49.7 
 
 
350 aa  302  5.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  55.49 
 
 
341 aa  301  8.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50 
 
 
347 aa  299  5e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  49.85 
 
 
333 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  54.72 
 
 
358 aa  296  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.31 
 
 
357 aa  295  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  49.23 
 
 
333 aa  292  6e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  53.66 
 
 
332 aa  290  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  57.76 
 
 
341 aa  290  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.15 
 
 
328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  53.02 
 
 
342 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.92 
 
 
338 aa  279  7e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.24 
 
 
332 aa  278  8e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.11 
 
 
342 aa  278  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  51.23 
 
 
333 aa  278  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  50.35 
 
 
337 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  47.13 
 
 
355 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  44.31 
 
 
320 aa  277  2e-73  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  46.83 
 
 
355 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.8 
 
 
315 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  46.83 
 
 
355 aa  276  4e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  44.87 
 
 
333 aa  275  9e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 
355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.53 
 
 
355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 
355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  48.19 
 
 
337 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.53 
 
 
355 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  47.29 
 
 
337 aa  272  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  45.92 
 
 
354 aa  272  6e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.27 
 
 
342 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  46.53 
 
 
354 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.53 
 
 
354 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  46.53 
 
 
354 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.45 
 
 
337 aa  271  1e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.53 
 
 
354 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.53 
 
 
354 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.53 
 
 
354 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  48.02 
 
 
354 aa  270  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  45.02 
 
 
357 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.35 
 
 
343 aa  269  5e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  54.43 
 
 
326 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  48.96 
 
 
356 aa  268  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  46.39 
 
 
337 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  46.39 
 
 
337 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.02 
 
 
355 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.84 
 
 
351 aa  267  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.24 
 
 
353 aa  266  2.9999999999999995e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.04 
 
 
332 aa  266  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.71 
 
 
355 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  55.15 
 
 
326 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  55.15 
 
 
326 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  44.71 
 
 
356 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.05 
 
 
362 aa  263  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  45.62 
 
 
317 aa  263  3e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  43.16 
 
 
332 aa  259  4e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  50 
 
 
332 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.39 
 
 
317 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.53 
 
 
354 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.32 
 
 
354 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.9 
 
 
327 aa  256  4e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.86 
 
 
322 aa  256  4e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.32 
 
 
352 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  47.42 
 
 
327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  53.45 
 
 
353 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  48.79 
 
 
332 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.83 
 
 
337 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  47.77 
 
 
338 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  48.79 
 
 
332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  48.78 
 
 
350 aa  253  3e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.9 
 
 
381 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.53 
 
 
349 aa  253  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  48.92 
 
 
336 aa  252  6e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.9 
 
 
356 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.91 
 
 
323 aa  250  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  47.81 
 
 
346 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  43.86 
 
 
338 aa  250  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.93 
 
 
336 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  44.6 
 
 
319 aa  248  9e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.1 
 
 
322 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  45.68 
 
 
356 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 
347 aa  247  2e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  48.6 
 
 
322 aa  246  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.55 
 
 
352 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  46.42 
 
 
322 aa  245  6e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  44.21 
 
 
331 aa  246  6e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.55 
 
 
338 aa  245  6.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.9 
 
 
337 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.64 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.54 
 
 
346 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  40.73 
 
 
333 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>