More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2576 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  100 
 
 
356 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  75.77 
 
 
353 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  74.72 
 
 
354 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  75.22 
 
 
333 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  72.16 
 
 
349 aa  494  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  76.18 
 
 
317 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  69.71 
 
 
349 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  58.71 
 
 
349 aa  349  3e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  56.27 
 
 
333 aa  342  4e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  55.66 
 
 
333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  56.27 
 
 
337 aa  333  4e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.18 
 
 
338 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  59.35 
 
 
356 aa  328  1.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.08 
 
 
347 aa  325  8.000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  55.8 
 
 
354 aa  323  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.66 
 
 
315 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  53.07 
 
 
332 aa  315  6e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  53.71 
 
 
350 aa  314  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.24 
 
 
327 aa  311  9e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.76 
 
 
342 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  56.19 
 
 
342 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  54.72 
 
 
358 aa  305  6e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.48 
 
 
357 aa  305  7e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  55.73 
 
 
341 aa  299  5e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  51.63 
 
 
345 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  52.79 
 
 
349 aa  298  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.91 
 
 
328 aa  298  1e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.63 
 
 
351 aa  293  4e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.1 
 
 
342 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  47.49 
 
 
333 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.27 
 
 
353 aa  289  6e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.79 
 
 
332 aa  282  6.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  52.94 
 
 
333 aa  280  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  52.81 
 
 
341 aa  276  6e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  50.64 
 
 
353 aa  272  6e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  43.87 
 
 
320 aa  271  2e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  55.79 
 
 
326 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  55.79 
 
 
326 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  55.18 
 
 
326 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.76 
 
 
317 aa  266  5e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  40.62 
 
 
317 aa  264  2e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.92 
 
 
352 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.21 
 
 
362 aa  255  6e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.12 
 
 
332 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.71 
 
 
332 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  45.61 
 
 
331 aa  250  2e-65  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.55 
 
 
331 aa  245  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.99 
 
 
333 aa  242  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.76 
 
 
353 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.78 
 
 
349 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  42.9 
 
 
356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  44.94 
 
 
356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  44.76 
 
 
354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.9 
 
 
355 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  45.89 
 
 
338 aa  239  4e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  44.64 
 
 
348 aa  239  4e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  50.15 
 
 
335 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  48.3 
 
 
346 aa  239  5e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.46 
 
 
356 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.6 
 
 
355 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  43.54 
 
 
353 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  41.3 
 
 
338 aa  239  8e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.45 
 
 
353 aa  238  9e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.98 
 
 
381 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.95 
 
 
337 aa  236  3e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.69 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  43.96 
 
 
343 aa  236  6e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  44.27 
 
 
357 aa  236  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  46.29 
 
 
355 aa  235  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.91 
 
 
337 aa  235  9e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  44.13 
 
 
355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  46.64 
 
 
354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.64 
 
 
354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  46.64 
 
 
354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.64 
 
 
354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.64 
 
 
354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  44.13 
 
 
355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.64 
 
 
354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  42.33 
 
 
332 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.94 
 
 
356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.82 
 
 
355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  43.21 
 
 
355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.21 
 
 
355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  43.21 
 
 
355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.55 
 
 
343 aa  233  3e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.56 
 
 
343 aa  233  3e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.99 
 
 
321 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.39 
 
 
321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.32 
 
 
350 aa  233  5e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.94 
 
 
352 aa  233  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  44.16 
 
 
327 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.92 
 
 
323 aa  231  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.62 
 
 
354 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  45.7 
 
 
350 aa  231  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.38 
 
 
343 aa  230  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  44.14 
 
 
319 aa  231  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.26 
 
 
321 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.26 
 
 
321 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.26 
 
 
321 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.72 
 
 
327 aa  230  3e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>