More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6537 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 357 aa  689    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  84.27 
 
 		 358 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  71.81 
 
 		 342 aa  451  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.22 
 
 		 342 aa  443  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.22 
 
 		 342 aa  429  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  69.49 
 
 		 341 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.65 
 
 		 327 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  57.62 
 
 		 350 aa  321  9.000000000000001e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  54.86 
 
 		 349 aa  316  4e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  56.09 
 
 		 317 aa  315  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  55.22 
 
 		 337 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  55.91 
 
 		 333 aa  313  2.9999999999999996e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  55.35 
 
 		 356 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.4 
 
 		 349 aa  311  1e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  54.31 
 
 		 353 aa  308  8e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  55.27 
 
 		 333 aa  308  1.0000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.42 
 
 		 338 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  54.76 
 
 		 332 aa  305  9.000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.4 
 
 		 315 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  56.73 
 
 		 356 aa  300  3e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.56 
 
 		 333 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.92 
 
 		 347 aa  298  1e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.24 
 
 		 349 aa  296  4e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  60.26 
 
 		 326 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  57.76 
 
 		 354 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  55.7 
 
 		 354 aa  295  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  58.41 
 
 		 326 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  58.41 
 
 		 326 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  54.23 
 
 		 345 aa  278  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.44 
 
 		 353 aa  277  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  46.46 
 
 		 320 aa  274  2.0000000000000002e-72  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.33 
 
 		 332 aa  272  6e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.17 
 
 		 351 aa  269  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  56.29 
 
 		 341 aa  267  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.03 
 
 		 328 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  52.35 
 
 		 333 aa  266  5e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  52.63 
 
 		 349 aa  263  4e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  43.27 
 
 		 317 aa  261  1e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  46.82 
 
 		 333 aa  257  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.07 
 
 		 317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.36 
 
 		 362 aa  249  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  44.06 
 
 		 331 aa  248  1e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  51.17 
 
 		 353 aa  247  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.4 
 
 		 332 aa  242  9e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  47.88 
 
 		 336 aa  236  6e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.71 
 
 		 331 aa  235  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.1 
 
 		 337 aa  232  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.53 
 
 		 330 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.04 
 
 		 323 aa  226  7e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.18 
 
 		 337 aa  224  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  50.51 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  48.18 
 
 		 322 aa  224  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.45 
 
 		 343 aa  222  8e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  47.23 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  43.14 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.49 
 
 		 346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  49.64 
 
 		 327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  44.34 
 
 		 357 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.49 
 
 		 349 aa  218  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  44.21 
 
 		 343 aa  218  1e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.82 
 
 		 343 aa  218  2e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.04 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  44.83 
 
 		 355 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 		 321 aa  216  4e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  45.25 
 
 		 354 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  47.46 
 
 		 356 aa  216  5.9999999999999996e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  48.39 
 
 		 355 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  48.04 
 
 		 327 aa  216  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  48.39 
 
 		 355 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.39 
 
 		 355 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  48.39 
 
 		 355 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.39 
 
 		 355 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  48.39 
 
 		 355 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  46.95 
 
 		 332 aa  215  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.21 
 
 		 333 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  48.19 
 
 		 337 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  46.5 
 
 		 332 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.93 
 
 		 327 aa  212  9e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  46.5 
 
 		 332 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.3 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.93 
 
 		 353 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.94 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.26 
 
 		 357 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  44.94 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.74 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  44.94 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.94 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.94 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  47.24 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.94 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.95 
 
 		 321 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  47.1 
 
 		 337 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  46.18 
 
 		 350 aa  209  4e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  44 
 
 		 322 aa  209  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.4 
 
 		 321 aa  209  6e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  41.75 
 
 		 322 aa  209  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.72 
 
 		 320 aa  209  7e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  47.1 
 
 		 356 aa  209  7e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48 
 
 		 343 aa  209  9e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.25 
 
 		 354 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>