More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2936 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
342 aa  665    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  90.35 
 
 
342 aa  597  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  89.77 
 
 
342 aa  580  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  74.85 
 
 
358 aa  457  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.64 
 
 
357 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  69.59 
 
 
341 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.39 
 
 
327 aa  319  3e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  59.14 
 
 
350 aa  316  3e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  55.76 
 
 
356 aa  309  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  55.45 
 
 
332 aa  306  5.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  54.04 
 
 
333 aa  305  6e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.15 
 
 
347 aa  302  5.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  54.55 
 
 
349 aa  301  1e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  53.42 
 
 
333 aa  300  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.56 
 
 
338 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.59 
 
 
349 aa  299  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.82 
 
 
315 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.07 
 
 
333 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  59.78 
 
 
354 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  53.23 
 
 
353 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  54.78 
 
 
317 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  55.44 
 
 
337 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  54.61 
 
 
356 aa  292  5e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  55.16 
 
 
354 aa  291  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.62 
 
 
349 aa  288  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.07 
 
 
353 aa  284  2.0000000000000002e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  59.35 
 
 
326 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.97 
 
 
328 aa  272  7e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  47.47 
 
 
320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  54.49 
 
 
341 aa  269  4e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  58.52 
 
 
326 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  58.52 
 
 
326 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.2 
 
 
332 aa  263  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  53.97 
 
 
333 aa  263  3e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  52.79 
 
 
345 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.68 
 
 
351 aa  261  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  51.11 
 
 
349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  55.23 
 
 
353 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  43.26 
 
 
317 aa  252  6e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  44.81 
 
 
333 aa  249  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53 
 
 
362 aa  247  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  43.91 
 
 
331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.06 
 
 
332 aa  237  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.01 
 
 
323 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.54 
 
 
330 aa  230  3e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  48.56 
 
 
336 aa  228  8e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.1 
 
 
337 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  50.66 
 
 
335 aa  226  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.99 
 
 
321 aa  225  9e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.33 
 
 
346 aa  225  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  47.47 
 
 
355 aa  224  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  49.66 
 
 
327 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  45.83 
 
 
354 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.98 
 
 
354 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.98 
 
 
354 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.98 
 
 
354 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  46.98 
 
 
354 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  46.98 
 
 
354 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.98 
 
 
354 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  46.03 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  46.03 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.03 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.03 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  46.03 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  46.03 
 
 
355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.23 
 
 
337 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.98 
 
 
354 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  45.08 
 
 
357 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.3 
 
 
333 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.17 
 
 
343 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.98 
 
 
352 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.2 
 
 
332 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 
320 aa  217  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.16 
 
 
331 aa  217  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  49.09 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  43 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.91 
 
 
349 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  45.19 
 
 
356 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  42.14 
 
 
336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  45.75 
 
 
346 aa  212  5.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.23 
 
 
327 aa  212  5.999999999999999e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.87 
 
 
355 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.46 
 
 
337 aa  212  7.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.58 
 
 
353 aa  212  9e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  47.12 
 
 
356 aa  211  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.55 
 
 
355 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  43.23 
 
 
332 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.35 
 
 
354 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  44.36 
 
 
343 aa  209  4e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  44.52 
 
 
322 aa  209  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.4 
 
 
381 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.93 
 
 
357 aa  209  5e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  48.23 
 
 
353 aa  208  9e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  44.07 
 
 
353 aa  208  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  41.37 
 
 
319 aa  208  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  44.38 
 
 
338 aa  208  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  43.97 
 
 
334 aa  208  1e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.48 
 
 
321 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.48 
 
 
321 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>