More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCC7424_3447 on replicon NC_011729
Organism: Cyanothece sp. PCC 7424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
337 aa  702    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  73.81 
 
 
350 aa  543  1e-153  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  82.1 
 
 
336 aa  541  1e-153  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  82.1 
 
 
336 aa  541  1e-153  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  74.25 
 
 
334 aa  528  1e-149  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  74.55 
 
 
351 aa  525  1e-148  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.46 
 
 
357 aa  512  1e-144  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  50.32 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  50.16 
 
 
335 aa  320  3e-86  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.32 
 
 
335 aa  315  6e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.94 
 
 
356 aa  309  4e-83  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  47.12 
 
 
335 aa  303  4.0000000000000003e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  48.93 
 
 
336 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.28 
 
 
330 aa  301  2e-80  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  45.9 
 
 
330 aa  299  5e-80  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.73 
 
 
333 aa  291  1e-77  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.91 
 
 
334 aa  290  3e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.85 
 
 
321 aa  261  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.13 
 
 
348 aa  258  8e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  42.58 
 
 
319 aa  258  8e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.21 
 
 
347 aa  256  3e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  42.11 
 
 
333 aa  256  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.85 
 
 
351 aa  251  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  42.9 
 
 
320 aa  249  4e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.78 
 
 
320 aa  249  6e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.42 
 
 
352 aa  247  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.86 
 
 
354 aa  246  3e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.94 
 
 
322 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.3 
 
 
332 aa  242  6e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.32 
 
 
347 aa  241  1e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.12 
 
 
322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.72 
 
 
346 aa  232  6e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.4 
 
 
347 aa  231  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 
343 aa  230  2e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
358 aa  230  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.07 
 
 
328 aa  230  3e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.03 
 
 
333 aa  228  8e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.87 
 
 
343 aa  227  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
318 aa  226  3e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.04 
 
 
334 aa  226  4e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.83 
 
 
327 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.78 
 
 
349 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.85 
 
 
357 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.5 
 
 
353 aa  224  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
329 aa  223  3e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
354 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.77 
 
 
332 aa  222  7e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
355 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
355 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 
344 aa  221  9e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.39 
 
 
356 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  36.2 
 
 
346 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.53 
 
 
347 aa  220  1.9999999999999999e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 
355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 
355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 
355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 
355 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.94 
 
 
323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.26 
 
 
355 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.19 
 
 
324 aa  219  5e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.04 
 
 
381 aa  219  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.23 
 
 
332 aa  218  7.999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.05 
 
 
317 aa  218  8.999999999999998e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  40.48 
 
 
319 aa  218  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.2 
 
 
327 aa  218  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.46 
 
 
338 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.36 
 
 
355 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.26 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.69 
 
 
356 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.36 
 
 
355 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  38.26 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  38.26 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.66 
 
 
327 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 
337 aa  218  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.26 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.26 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.26 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.65 
 
 
325 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.13 
 
 
393 aa  217  2.9999999999999998e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.07 
 
 
347 aa  216  2.9999999999999998e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.51 
 
 
326 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.51 
 
 
326 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.89 
 
 
327 aa  216  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.91 
 
 
352 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.26 
 
 
333 aa  216  5e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.31 
 
 
331 aa  216  5e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.49 
 
 
332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.91 
 
 
332 aa  215  7e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.91 
 
 
332 aa  215  7e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  42.7 
 
 
342 aa  215  8e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.64 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  39.18 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.91 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.91 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  36.25 
 
 
350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 
352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.31 
 
 
346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.19 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.85 
 
 
328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>