More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1486 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
326 aa  639    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  93.25 
 
 
326 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  93.25 
 
 
326 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  63.61 
 
 
347 aa  397  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  61.47 
 
 
328 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  64.4 
 
 
333 aa  363  2e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.26 
 
 
357 aa  330  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.91 
 
 
315 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  56.73 
 
 
337 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.11 
 
 
338 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  58.15 
 
 
354 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  58.65 
 
 
358 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  56.44 
 
 
349 aa  322  8e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  55.79 
 
 
353 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  58.39 
 
 
342 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  58.92 
 
 
349 aa  319  5e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  57.61 
 
 
317 aa  318  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  48.43 
 
 
317 aa  317  1e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.03 
 
 
342 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  53.92 
 
 
332 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.23 
 
 
333 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  53.89 
 
 
333 aa  315  7e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  54.52 
 
 
349 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  46.58 
 
 
320 aa  311  1e-83  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.86 
 
 
317 aa  311  1e-83  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  53.27 
 
 
333 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  57.01 
 
 
341 aa  309  4e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  54.48 
 
 
356 aa  309  5e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.6 
 
 
349 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  55.18 
 
 
356 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  53.23 
 
 
354 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  53.12 
 
 
350 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  49.37 
 
 
333 aa  303  3.0000000000000004e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.39 
 
 
342 aa  301  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.11 
 
 
332 aa  293  4e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.53 
 
 
351 aa  292  6e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.93 
 
 
353 aa  290  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  56.71 
 
 
341 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.22 
 
 
327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  53.21 
 
 
345 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  47.75 
 
 
331 aa  280  3e-74  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  50.16 
 
 
353 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.92 
 
 
332 aa  269  5.9999999999999995e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  46.18 
 
 
338 aa  263  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.26 
 
 
337 aa  262  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.1 
 
 
333 aa  262  4.999999999999999e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  262  6e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  44.75 
 
 
319 aa  262  6.999999999999999e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  45.94 
 
 
357 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.08 
 
 
332 aa  261  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.98 
 
 
327 aa  260  3e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  45.49 
 
 
333 aa  258  7e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.4 
 
 
321 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.4 
 
 
321 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.4 
 
 
321 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.4 
 
 
321 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.4 
 
 
337 aa  258  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.69 
 
 
331 aa  258  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.4 
 
 
321 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.06 
 
 
321 aa  258  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 
322 aa  257  2e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  47.75 
 
 
332 aa  256  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.24 
 
 
321 aa  256  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.71 
 
 
321 aa  256  5e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.53 
 
 
321 aa  256  5e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.42 
 
 
355 aa  255  7e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.66 
 
 
330 aa  255  8e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  48.33 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.75 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.85 
 
 
353 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.71 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.11 
 
 
362 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.33 
 
 
322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.64 
 
 
355 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  50 
 
 
355 aa  253  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  49.64 
 
 
355 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.64 
 
 
355 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  49.64 
 
 
355 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  49.64 
 
 
355 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  47.55 
 
 
353 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  49.64 
 
 
355 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  46.03 
 
 
354 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  46.03 
 
 
354 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.03 
 
 
354 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.97 
 
 
352 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.03 
 
 
354 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.03 
 
 
354 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.03 
 
 
354 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.64 
 
 
381 aa  250  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>