More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2132 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  100 
 
 
332 aa  671    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  70.34 
 
 
338 aa  471  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  72.38 
 
 
315 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  67.19 
 
 
337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  62.1 
 
 
333 aa  388  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  61.78 
 
 
349 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  61.46 
 
 
333 aa  383  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  58.1 
 
 
354 aa  354  1e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.14 
 
 
333 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  53.07 
 
 
356 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  56.79 
 
 
353 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  57.14 
 
 
354 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.19 
 
 
347 aa  310  2.9999999999999997e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.75 
 
 
349 aa  308  8e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  54.07 
 
 
358 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.76 
 
 
357 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  54.83 
 
 
342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  54.85 
 
 
317 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.47 
 
 
349 aa  300  3e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.45 
 
 
342 aa  299  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.62 
 
 
327 aa  293  2e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.15 
 
 
328 aa  293  2e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  50 
 
 
320 aa  287  1e-76  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.96 
 
 
342 aa  287  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  55.44 
 
 
341 aa  286  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  53.04 
 
 
341 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  52.38 
 
 
356 aa  282  7.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.75 
 
 
353 aa  281  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  50.35 
 
 
333 aa  280  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  54.93 
 
 
353 aa  277  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.34 
 
 
332 aa  277  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  49.69 
 
 
333 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  53.92 
 
 
326 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  55.17 
 
 
326 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  55.17 
 
 
326 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  48.6 
 
 
331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.17 
 
 
351 aa  272  7e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  43.89 
 
 
317 aa  271  8.000000000000001e-72  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.1 
 
 
317 aa  271  9e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  53.87 
 
 
345 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  47.17 
 
 
350 aa  268  8e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.25 
 
 
343 aa  260  2e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.21 
 
 
322 aa  260  2e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  47.75 
 
 
332 aa  259  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  50.67 
 
 
349 aa  259  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  47.02 
 
 
327 aa  259  4e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.22 
 
 
332 aa  259  6e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.59 
 
 
332 aa  258  9e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.53 
 
 
337 aa  258  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.36 
 
 
362 aa  253  3e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  47.72 
 
 
332 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  47.72 
 
 
332 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.52 
 
 
337 aa  251  9.000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  46.29 
 
 
319 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.2 
 
 
331 aa  249  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  42.51 
 
 
331 aa  249  4e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.41 
 
 
355 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.41 
 
 
355 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.06 
 
 
322 aa  248  8e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  47.08 
 
 
354 aa  248  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.86 
 
 
331 aa  248  9e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.79 
 
 
333 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  45.05 
 
 
338 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.45 
 
 
356 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.59 
 
 
352 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  47.42 
 
 
355 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  47.42 
 
 
355 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.16 
 
 
381 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  45.89 
 
 
357 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  47.08 
 
 
355 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.83 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  48.75 
 
 
346 aa  245  8e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.55 
 
 
355 aa  245  8e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  47.55 
 
 
355 aa  245  8e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  47.55 
 
 
355 aa  245  8e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  47.84 
 
 
322 aa  245  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.24 
 
 
353 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.55 
 
 
355 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.34 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  47.24 
 
 
356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.33 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.67 
 
 
346 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  47.35 
 
 
356 aa  243  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.4 
 
 
349 aa  243  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  48.02 
 
 
335 aa  243  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  49.82 
 
 
332 aa  243  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.48 
 
 
321 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.48 
 
 
321 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.48 
 
 
321 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.48 
 
 
321 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.48 
 
 
321 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.42 
 
 
352 aa  242  7e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>