More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_0247 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 322 aa  661    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  63.52 
 
 		 319 aa  421  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  56.05 
 
 		 347 aa  376  1e-103  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  54.72 
 
 		 318 aa  367  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  52.83 
 
 		 322 aa  357  1.9999999999999998e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.52 
 
 		 320 aa  356  2.9999999999999997e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.97 
 
 		 333 aa  347  1e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.5 
 
 		 328 aa  345  7e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  58.97 
 
 		 334 aa  342  5e-93  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  50.78 
 
 		 332 aa  332  4e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  49.21 
 
 		 333 aa  329  4e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  50.16 
 
 		 332 aa  326  3e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  48 
 
 		 326 aa  326  4.0000000000000003e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  48 
 
 		 326 aa  326  4.0000000000000003e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 		 332 aa  324  1e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 		 332 aa  324  1e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 		 332 aa  323  2e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.84 
 
 		 332 aa  323  2e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  48.1 
 
 		 324 aa  323  3e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.53 
 
 		 332 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.53 
 
 		 332 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  48.9 
 
 		 332 aa  320  3e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.27 
 
 		 334 aa  314  9.999999999999999e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  49.52 
 
 		 324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  49.52 
 
 		 324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.16 
 
 		 321 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.98 
 
 		 326 aa  301  8.000000000000001e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  47.32 
 
 		 335 aa  298  7e-80  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  46.08 
 
 		 334 aa  296  3e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.99 
 
 		 333 aa  295  5e-79  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.06 
 
 		 343 aa  295  9e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  47.8 
 
 		 350 aa  291  1e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.06 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  44.72 
 
 		 325 aa  288  9e-77  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  45.89 
 
 		 342 aa  286  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.11 
 
 		 327 aa  286  4e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.74 
 
 		 324 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  45.69 
 
 		 325 aa  282  4.0000000000000003e-75  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  44.79 
 
 		 325 aa  280  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.86 
 
 		 355 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  47.28 
 
 		 325 aa  279  4e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.86 
 
 		 355 aa  279  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  44.92 
 
 		 308 aa  279  5e-74  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.03 
 
 		 321 aa  275  6e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.66 
 
 		 328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.57 
 
 		 356 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  45 
 
 		 355 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  44.83 
 
 		 357 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  44.03 
 
 		 333 aa  272  6e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.03 
 
 		 321 aa  271  9e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.81 
 
 		 381 aa  271  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  44.69 
 
 		 354 aa  271  9e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  45.87 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  45 
 
 		 355 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  45 
 
 		 355 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45 
 
 		 355 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  45 
 
 		 355 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  45 
 
 		 355 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  44.69 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  44.69 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45 
 
 		 355 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  45.03 
 
 		 326 aa  269  5e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  44.59 
 
 		 336 aa  268  1e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.41 
 
 		 354 aa  267  2e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.61 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.38 
 
 		 352 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  44.1 
 
 		 338 aa  266  4e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  41.74 
 
 		 332 aa  265  5.999999999999999e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.41 
 
 		 347 aa  265  8e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.12 
 
 		 327 aa  264  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  43.52 
 
 		 319 aa  264  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.14 
 
 		 352 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.55 
 
 		 346 aa  264  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  44.37 
 
 		 347 aa  263  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  41.32 
 
 		 320 aa  261  8e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.09 
 
 		 348 aa  261  1e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.38 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.53 
 
 		 331 aa  261  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.52 
 
 		 351 aa  261  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.64 
 
 		 333 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  44.67 
 
 		 327 aa  260  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.51 
 
 		 354 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  44.88 
 
 		 332 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  44.33 
 
 		 343 aa  260  3e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  44.88 
 
 		 332 aa  259  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.09 
 
 		 337 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.57 
 
 		 320 aa  259  4e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  40.58 
 
 		 331 aa  259  4e-68  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.59 
 
 		 323 aa  259  4e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.18 
 
 		 317 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.01 
 
 		 332 aa  259  6e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.14 
 
 		 322 aa  258  8e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.77 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  44.75 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 		 325 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>