More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plut_0276 on replicon NC_007512
Organism: Chlorobium luteolum DSM 273



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 		 354 aa  723    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  80.4 
 
 		 347 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  80.12 
 
 		 347 aa  580  1.0000000000000001e-165  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  78.35 
 
 		 352 aa  577  1e-164  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  76.38 
 
 		 348 aa  545  1e-154  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.97 
 
 		 346 aa  507  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.86 
 
 		 347 aa  463  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  50.46 
 
 		 330 aa  329  6e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  53.46 
 
 		 327 aa  328  6e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  49.39 
 
 		 329 aa  323  3e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.46 
 
 		 354 aa  322  4e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.69 
 
 		 329 aa  322  7e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.47 
 
 		 358 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.31 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.48 
 
 		 327 aa  318  7.999999999999999e-86  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  47.85 
 
 		 332 aa  310  2.9999999999999997e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.84 
 
 		 335 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.67 
 
 		 345 aa  295  6e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  49.19 
 
 		 333 aa  293  4e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  44.86 
 
 		 333 aa  291  8e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  45.86 
 
 		 319 aa  272  7e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  44.03 
 
 		 347 aa  271  9e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  44.13 
 
 		 318 aa  271  1e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.41 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.4 
 
 		 328 aa  266  4e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  42.81 
 
 		 322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.18 
 
 		 357 aa  252  7e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.11 
 
 		 332 aa  252  9.000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  42.09 
 
 		 324 aa  251  2e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  41.61 
 
 		 326 aa  250  2e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  41.61 
 
 		 326 aa  250  2e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.11 
 
 		 332 aa  250  3e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.11 
 
 		 332 aa  250  3e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.41 
 
 		 332 aa  249  4e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  41.49 
 
 		 332 aa  249  5e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.49 
 
 		 332 aa  249  5e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.8 
 
 		 332 aa  249  7e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.51 
 
 		 320 aa  248  1e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.49 
 
 		 332 aa  248  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.49 
 
 		 332 aa  248  2e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 		 333 aa  247  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.86 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.86 
 
 		 350 aa  246  4.9999999999999997e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.22 
 
 		 333 aa  245  8e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.8 
 
 		 334 aa  244  9.999999999999999e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.76 
 
 		 324 aa  243  3e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  43.38 
 
 		 347 aa  242  6e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  40.91 
 
 		 351 aa  242  6e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  40.92 
 
 		 334 aa  241  1e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.72 
 
 		 324 aa  240  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.72 
 
 		 324 aa  240  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.21 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.39 
 
 		 325 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.54 
 
 		 337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 		 333 aa  239  4e-62  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  41.88 
 
 		 308 aa  238  8e-62  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.51 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.16 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.59 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.4 
 
 		 321 aa  235  9e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  40.94 
 
 		 333 aa  235  1.0000000000000001e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  41 
 
 		 325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.64 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  39.69 
 
 		 325 aa  231  1e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  45.67 
 
 		 332 aa  230  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.88 
 
 		 336 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.88 
 
 		 336 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.66 
 
 		 351 aa  229  5e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.35 
 
 		 355 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.35 
 
 		 355 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  42.67 
 
 		 356 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.88 
 
 		 350 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.21 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.59 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  38.04 
 
 		 335 aa  227  3e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.68 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 		 327 aa  226  7e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.74 
 
 		 334 aa  225  9e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.24 
 
 		 381 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.66 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.58 
 
 		 356 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.87 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.46 
 
 		 353 aa  223  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.05 
 
 		 317 aa  222  7e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 		 343 aa  222  9e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.73 
 
 		 328 aa  222  9e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.31 
 
 		 327 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.05 
 
 		 317 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.41 
 
 		 346 aa  220  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.87 
 
 		 331 aa  220  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 338 aa  220  3e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 		 353 aa  220  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  40.07 
 
 		 335 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  41.8 
 
 		 352 aa  219  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  41.97 
 
 		 332 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.62 
 
 		 353 aa  219  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  41.97 
 
 		 332 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  39.74 
 
 		 335 aa  219  7.999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.67 
 
 		 327 aa  219  7.999999999999999e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>