More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0425 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
324 aa  668    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  57.93 
 
 
347 aa  380  1e-104  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.23 
 
 
320 aa  364  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  52.34 
 
 
322 aa  356  2.9999999999999997e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.1 
 
 
322 aa  331  1e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  50.31 
 
 
326 aa  328  1.0000000000000001e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  50.31 
 
 
326 aa  328  1.0000000000000001e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.96 
 
 
333 aa  325  6e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.44 
 
 
328 aa  322  4e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  50.15 
 
 
325 aa  322  8e-87  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  47.81 
 
 
333 aa  320  3e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  47.34 
 
 
332 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  47.65 
 
 
332 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  47.65 
 
 
332 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  47.65 
 
 
332 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  47.65 
 
 
332 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  48.71 
 
 
332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  46.43 
 
 
319 aa  305  5.0000000000000004e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  47.02 
 
 
332 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.71 
 
 
332 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  46.71 
 
 
332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  49.5 
 
 
324 aa  301  1e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  49.5 
 
 
324 aa  301  1e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  45.11 
 
 
325 aa  296  4e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.68 
 
 
334 aa  294  1e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  45.31 
 
 
334 aa  294  1e-78  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  44.16 
 
 
347 aa  289  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.62 
 
 
324 aa  288  6e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  46.91 
 
 
308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  48.89 
 
 
334 aa  280  2e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.21 
 
 
318 aa  280  2e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.74 
 
 
333 aa  279  5e-74  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.59 
 
 
321 aa  279  6e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.96 
 
 
321 aa  277  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.79 
 
 
343 aa  276  3e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.34 
 
 
330 aa  275  5e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  41.56 
 
 
335 aa  273  3e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
325 aa  267  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  41.14 
 
 
342 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 
337 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.26 
 
 
326 aa  264  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.67 
 
 
326 aa  264  2e-69  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.49 
 
 
347 aa  263  2e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.63 
 
 
350 aa  263  3e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.69 
 
 
333 aa  262  6e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
327 aa  262  8e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.41 
 
 
328 aa  261  1e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 
329 aa  261  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.18 
 
 
327 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.14 
 
 
348 aa  260  3e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.27 
 
 
346 aa  259  4e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  42.68 
 
 
333 aa  258  7e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  39.81 
 
 
332 aa  258  9e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  39.81 
 
 
332 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.68 
 
 
351 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.05 
 
 
321 aa  256  3e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.85 
 
 
353 aa  256  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.94 
 
 
332 aa  256  5e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.09 
 
 
354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.68 
 
 
332 aa  253  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
331 aa  253  4.0000000000000004e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.54 
 
 
322 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  41.61 
 
 
343 aa  251  1e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  39.87 
 
 
319 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.4 
 
 
332 aa  251  1e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  40.73 
 
 
332 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.24 
 
 
337 aa  250  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.08 
 
 
322 aa  251  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.66 
 
 
336 aa  250  2e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.05 
 
 
343 aa  249  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.61 
 
 
343 aa  249  3e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 
326 aa  249  5e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.98 
 
 
332 aa  249  5e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.97 
 
 
381 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.1 
 
 
352 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  42.3 
 
 
353 aa  249  6e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  40.63 
 
 
347 aa  249  7e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.03 
 
 
320 aa  248  8e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.72 
 
 
317 aa  246  4e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  40.66 
 
 
320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.83 
 
 
354 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.78 
 
 
346 aa  245  6e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 
357 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.24 
 
 
356 aa  245  6.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  41.06 
 
 
337 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.01 
 
 
355 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  39.17 
 
 
337 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.01 
 
 
355 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.3 
 
 
353 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  40.34 
 
 
317 aa  244  9.999999999999999e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.44 
 
 
352 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  41.06 
 
 
337 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.54 
 
 
337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.93 
 
 
355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.01 
 
 
355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  40.33 
 
 
337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  40.12 
 
 
356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  41.67 
 
 
325 aa  243  3e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.99 
 
 
341 aa  243  3e-63  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.01 
 
 
355 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>