More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0110 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
318 aa  654    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.72 
 
 
322 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  55.7 
 
 
319 aa  363  1e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.5 
 
 
328 aa  317  1e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  46.91 
 
 
347 aa  315  4e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.23 
 
 
333 aa  311  1e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  47.47 
 
 
322 aa  309  4e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.13 
 
 
320 aa  299  4e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  44.04 
 
 
333 aa  297  1e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.77 
 
 
332 aa  295  6e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  45.77 
 
 
332 aa  295  1e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  46.35 
 
 
332 aa  293  2e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  46.35 
 
 
332 aa  293  2e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.23 
 
 
324 aa  294  2e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  53.14 
 
 
334 aa  293  3e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  45.77 
 
 
332 aa  293  4e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.77 
 
 
332 aa  293  4e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.77 
 
 
332 aa  292  7e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.77 
 
 
332 aa  291  7e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  46.08 
 
 
332 aa  291  9e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  46.58 
 
 
324 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  46.58 
 
 
324 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.42 
 
 
334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.63 
 
 
327 aa  284  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.71 
 
 
321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  45.48 
 
 
342 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  44.01 
 
 
326 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  44.01 
 
 
326 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  45.71 
 
 
325 aa  280  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.4 
 
 
321 aa  279  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.21 
 
 
324 aa  278  7e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.93 
 
 
321 aa  278  9e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.18 
 
 
333 aa  277  2e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  45.78 
 
 
347 aa  275  7e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.31 
 
 
325 aa  275  8e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  41.19 
 
 
334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  41.67 
 
 
335 aa  274  2.0000000000000002e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.13 
 
 
354 aa  271  1e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.33 
 
 
347 aa  265  7e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.33 
 
 
352 aa  265  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  41.67 
 
 
326 aa  264  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.89 
 
 
358 aa  263  2e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.95 
 
 
343 aa  263  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.21 
 
 
348 aa  263  4e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  45.18 
 
 
347 aa  262  6.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.95 
 
 
337 aa  255  5e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  43.35 
 
 
329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  41.04 
 
 
325 aa  252  6e-66  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.08 
 
 
326 aa  251  1e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.67 
 
 
346 aa  251  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.89 
 
 
328 aa  250  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  40.19 
 
 
325 aa  247  1e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  41.3 
 
 
308 aa  248  1e-64  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.11 
 
 
325 aa  245  6e-64  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.19 
 
 
350 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  42.04 
 
 
348 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  41.85 
 
 
333 aa  242  6e-63  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  39.14 
 
 
330 aa  241  9e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 
354 aa  241  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.1 
 
 
327 aa  241  1e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.94 
 
 
343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.3 
 
 
370 aa  239  2.9999999999999997e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  41.06 
 
 
356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.44 
 
 
351 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.98 
 
 
317 aa  239  5e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
349 aa  238  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.72 
 
 
352 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  39.37 
 
 
319 aa  237  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.03 
 
 
329 aa  237  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
346 aa  237  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 
354 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.49 
 
 
381 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.49 
 
 
356 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.06 
 
 
315 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.54 
 
 
357 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 
355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 
355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 
355 aa  235  7e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.39 
 
 
355 aa  235  7e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 
355 aa  235  7e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.39 
 
 
355 aa  235  9e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.56 
 
 
352 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.67 
 
 
338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.6 
 
 
343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  39.12 
 
 
356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.08 
 
 
355 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.28 
 
 
317 aa  233  3e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.08 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.86 
 
 
331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.73 
 
 
353 aa  232  6e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.94 
 
 
326 aa  232  6e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.26 
 
 
332 aa  232  7.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.26 
 
 
332 aa  232  7.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.67 
 
 
322 aa  232  8.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.17 
 
 
355 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.53 
 
 
355 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.73 
 
 
353 aa  231  9e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.56 
 
 
337 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.87 
 
 
331 aa  231  1e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.39 
 
 
356 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>