More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0270 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 333 aa  691    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  66.36 
 
 		 335 aa  454  1e-127  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.44 
 
 		 333 aa  414  1e-114  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  57.5 
 
 		 332 aa  404  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  57.62 
 
 		 332 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  57.81 
 
 		 332 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  57.81 
 
 		 332 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  57.62 
 
 		 332 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  57.5 
 
 		 332 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  57.5 
 
 		 332 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  57.5 
 
 		 332 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  57.81 
 
 		 332 aa  397  1e-109  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  57.99 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  57.69 
 
 		 324 aa  388  1e-107  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  57.69 
 
 		 324 aa  388  1e-107  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  55.56 
 
 		 325 aa  374  1e-102  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  54.43 
 
 		 325 aa  368  1e-101  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.71 
 
 		 328 aa  308  5.9999999999999995e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.99 
 
 		 322 aa  295  5e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  44.73 
 
 		 347 aa  290  3e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.63 
 
 		 319 aa  278  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  43.18 
 
 		 318 aa  277  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.09 
 
 		 320 aa  275  9e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.74 
 
 		 324 aa  271  2e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 		 322 aa  269  5.9999999999999995e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  44.18 
 
 		 333 aa  261  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  40.25 
 
 		 325 aa  259  4e-68  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  41.88 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.74 
 
 		 337 aa  257  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.45 
 
 		 358 aa  256  3e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.8 
 
 		 343 aa  253  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.56 
 
 		 321 aa  253  3e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  41.53 
 
 		 326 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  41.53 
 
 		 326 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 		 325 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 		 354 aa  239  4e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.89 
 
 		 348 aa  238  6.999999999999999e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.49 
 
 		 350 aa  238  8e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  39.69 
 
 		 330 aa  238  9e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  40.46 
 
 		 327 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.09 
 
 		 354 aa  236  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.33 
 
 		 343 aa  236  4e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 343 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.25 
 
 		 349 aa  235  7e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  40.31 
 
 		 356 aa  235  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.81 
 
 		 355 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.57 
 
 		 328 aa  235  8e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.88 
 
 		 381 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.62 
 
 		 331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.5 
 
 		 337 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.18 
 
 		 355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  39.44 
 
 		 355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.91 
 
 		 352 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.77 
 
 		 329 aa  233  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.77 
 
 		 323 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.03 
 
 		 322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.62 
 
 		 347 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.51 
 
 		 333 aa  232  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  41.67 
 
 		 332 aa  232  8.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.22 
 
 		 321 aa  232  8.000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  40.74 
 
 		 355 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.38 
 
 		 356 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.57 
 
 		 332 aa  231  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.74 
 
 		 355 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  39.02 
 
 		 332 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  40.74 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.74 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.53 
 
 		 346 aa  229  4e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.74 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  40.74 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 		 354 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  39.02 
 
 		 332 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.25 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.71 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  38.51 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  38.51 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.42 
 
 		 327 aa  227  2e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.12 
 
 		 352 aa  227  2e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.66 
 
 		 347 aa  226  4e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  39.13 
 
 		 344 aa  226  4e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 329 aa  226  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.31 
 
 		 350 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  43.75 
 
 		 320 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.28 
 
 		 321 aa  226  6e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.78 
 
 		 332 aa  225  7e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  37.85 
 
 		 329 aa  225  7e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  35.87 
 
 		 325 aa  224  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.7 
 
 		 331 aa  224  2e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.15 
 
 		 343 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  40.68 
 
 		 353 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.51 
 
 		 351 aa  223  3e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.89 
 
 		 342 aa  223  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.56 
 
 		 322 aa  223  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.98 
 
 		 357 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  37.2 
 
 		 346 aa  221  9e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>