More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_2221 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 
334 aa  684    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.18 
 
 
333 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  56.97 
 
 
332 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  56.66 
 
 
332 aa  392  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  56.04 
 
 
332 aa  391  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  56.66 
 
 
332 aa  392  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  56.04 
 
 
332 aa  393  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  57.99 
 
 
333 aa  393  1e-108  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  56.35 
 
 
332 aa  392  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  56.66 
 
 
332 aa  393  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  56.35 
 
 
332 aa  389  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  56.35 
 
 
332 aa  390  1e-107  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  56.66 
 
 
335 aa  383  1e-105  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  55.84 
 
 
324 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  55.84 
 
 
324 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  52.19 
 
 
325 aa  328  9e-89  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  50.95 
 
 
325 aa  320  3e-86  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.91 
 
 
328 aa  298  8e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.08 
 
 
322 aa  296  3e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  47.34 
 
 
347 aa  293  4e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  45.31 
 
 
324 aa  290  2e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  44.06 
 
 
319 aa  285  8e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.19 
 
 
318 aa  274  1.0000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  47.27 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  44.41 
 
 
322 aa  272  5.000000000000001e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  42.81 
 
 
325 aa  271  2e-71  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.38 
 
 
320 aa  265  7e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  41.69 
 
 
333 aa  259  4e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.31 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 
358 aa  247  2e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.18 
 
 
326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.18 
 
 
326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.94 
 
 
337 aa  239  4e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40 
 
 
325 aa  239  5e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.68 
 
 
325 aa  238  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.91 
 
 
347 aa  238  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.31 
 
 
321 aa  236  4e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.31 
 
 
321 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.18 
 
 
343 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.99 
 
 
343 aa  232  8.000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.67 
 
 
334 aa  231  9e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.46 
 
 
370 aa  231  9e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.63 
 
 
343 aa  231  1e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 
333 aa  230  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 
324 aa  230  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  41.64 
 
 
334 aa  229  6e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.63 
 
 
350 aa  228  8e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  38.87 
 
 
344 aa  228  1e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.8 
 
 
331 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.44 
 
 
354 aa  228  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.31 
 
 
332 aa  227  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.46 
 
 
332 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.04 
 
 
337 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.99 
 
 
329 aa  226  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.87 
 
 
348 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.76 
 
 
350 aa  225  6e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.74 
 
 
354 aa  225  8e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.56 
 
 
346 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  37.04 
 
 
351 aa  225  1e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.16 
 
 
346 aa  223  4e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 
333 aa  222  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  40.32 
 
 
327 aa  222  8e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.5 
 
 
381 aa  222  8e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.51 
 
 
352 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
347 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.37 
 
 
357 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40 
 
 
337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  35.74 
 
 
330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 
329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  37.82 
 
 
336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.85 
 
 
342 aa  220  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.27 
 
 
322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.11 
 
 
328 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  40.81 
 
 
337 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  38.36 
 
 
322 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.51 
 
 
347 aa  218  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  40.5 
 
 
337 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  36.76 
 
 
362 aa  218  1e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  41.75 
 
 
332 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  40.5 
 
 
337 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
326 aa  218  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  38.44 
 
 
319 aa  217  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  35.6 
 
 
334 aa  217  2.9999999999999998e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.73 
 
 
332 aa  216  4e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.56 
 
 
356 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  39.25 
 
 
332 aa  216  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.05 
 
 
347 aa  215  7e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.8 
 
 
393 aa  215  7e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  39.25 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  35.53 
 
 
326 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.34 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.98 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  37.74 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  37.74 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  37.74 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.76 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.16 
 
 
329 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  35.4 
 
 
370 aa  213  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.16 
 
 
351 aa  213  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>