More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0245 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 333 aa  683    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  75.16 
 
 		 351 aa  508  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  74.17 
 
 		 332 aa  504  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  57.86 
 
 		 320 aa  384  1e-105  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  52.2 
 
 		 317 aa  368  1e-101  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.97 
 
 		 353 aa  365  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.26 
 
 		 317 aa  359  3e-98  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  53.53 
 
 		 331 aa  356  2.9999999999999997e-97  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  56.19 
 
 		 353 aa  355  7.999999999999999e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  50.81 
 
 		 336 aa  315  6e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.23 
 
 		 343 aa  311  1e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.73 
 
 		 331 aa  308  9e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.73 
 
 		 328 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  45.57 
 
 		 332 aa  298  7e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.89 
 
 		 333 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.69 
 
 		 332 aa  296  3e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.14 
 
 		 337 aa  296  4e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  50.46 
 
 		 341 aa  296  5e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  45.74 
 
 		 350 aa  295  8e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.23 
 
 		 346 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.34 
 
 		 337 aa  295  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.86 
 
 		 332 aa  295  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.26 
 
 		 347 aa  293  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.25 
 
 		 355 aa  292  6e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  46.25 
 
 		 355 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.25 
 
 		 355 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  46.25 
 
 		 355 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  47.06 
 
 		 353 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  47.84 
 
 		 347 aa  290  3e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  45.94 
 
 		 355 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  49.31 
 
 		 350 aa  289  5.0000000000000004e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  51.57 
 
 		 354 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  47.49 
 
 		 356 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.45 
 
 		 355 aa  288  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.94 
 
 		 355 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  47.88 
 
 		 322 aa  288  9e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.6 
 
 		 356 aa  286  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.14 
 
 		 355 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.51 
 
 		 381 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.04 
 
 		 349 aa  286  4e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  45.28 
 
 		 332 aa  286  5e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.65 
 
 		 328 aa  285  5.999999999999999e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  45.28 
 
 		 332 aa  285  8e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 		 319 aa  285  9e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.95 
 
 		 338 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  44.51 
 
 		 356 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  45.31 
 
 		 354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.43 
 
 		 322 aa  283  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  50.51 
 
 		 333 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.51 
 
 		 349 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  46.49 
 
 		 319 aa  281  8.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  49.15 
 
 		 356 aa  280  2e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  50.35 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  50 
 
 		 327 aa  280  3e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.4 
 
 		 357 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.74 
 
 		 349 aa  279  4e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.45 
 
 		 327 aa  279  6e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.9 
 
 		 333 aa  278  9e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  49.83 
 
 		 333 aa  278  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  44.38 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.85 
 
 		 323 aa  276  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  43.61 
 
 		 337 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.17 
 
 		 336 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  51.48 
 
 		 333 aa  276  3e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.64 
 
 		 315 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.38 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  44.38 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  44.38 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.38 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.38 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.38 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  48.65 
 
 		 349 aa  276  5e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  44.72 
 
 		 338 aa  276  5e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  45.63 
 
 		 327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.43 
 
 		 343 aa  274  1.0000000000000001e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  43.93 
 
 		 337 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.17 
 
 		 353 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.75 
 
 		 327 aa  273  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  45.66 
 
 		 356 aa  273  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  41.12 
 
 		 343 aa  272  5.000000000000001e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  43.12 
 
 		 357 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.03 
 
 		 322 aa  272  6e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.97 
 
 		 337 aa  272  6e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 332 aa  272  6e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  45.17 
 
 		 338 aa  272  7e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  43.61 
 
 		 337 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  43.61 
 
 		 337 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.31 
 
 		 352 aa  271  8.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  45.82 
 
 		 354 aa  272  8.000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  48 
 
 		 332 aa  271  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  44.86 
 
 		 353 aa  271  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 332 aa  271  1e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  52.04 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 332 aa  271  2e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 		 332 aa  270  2e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.59 
 
 		 332 aa  271  2e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.27 
 
 		 333 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.63 
 
 		 332 aa  269  4e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  44.69 
 
 		 353 aa  270  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.96 
 
 		 362 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>