More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_1867 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
326 aa  655    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.98 
 
 
322 aa  301  8.000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 
319 aa  287  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  44.19 
 
 
347 aa  281  1e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  44.81 
 
 
333 aa  276  3e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.71 
 
 
328 aa  270  2e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  55.48 
 
 
334 aa  267  2e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.27 
 
 
334 aa  257  2e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.69 
 
 
320 aa  257  2e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  44.26 
 
 
324 aa  257  2e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  43.97 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  46.08 
 
 
318 aa  251  1e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  44.13 
 
 
325 aa  248  8e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.75 
 
 
324 aa  246  4e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.59 
 
 
333 aa  245  6e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.12 
 
 
321 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.61 
 
 
325 aa  241  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.03 
 
 
317 aa  241  1e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.79 
 
 
321 aa  241  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  41.88 
 
 
326 aa  240  2e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  41.88 
 
 
326 aa  240  2e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.14 
 
 
330 aa  239  4e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  43.65 
 
 
333 aa  239  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.48 
 
 
370 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.51 
 
 
354 aa  238  9e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  39.3 
 
 
320 aa  237  2e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.62 
 
 
317 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  43.49 
 
 
332 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.51 
 
 
321 aa  235  6e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.43 
 
 
320 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  43.32 
 
 
347 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.37 
 
 
351 aa  233  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.9 
 
 
332 aa  232  5e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.14 
 
 
358 aa  232  6e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.44 
 
 
346 aa  232  7.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  41.9 
 
 
332 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.9 
 
 
332 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.22 
 
 
332 aa  231  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  41.9 
 
 
332 aa  231  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.9 
 
 
332 aa  231  1e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.9 
 
 
332 aa  230  2e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.9 
 
 
332 aa  231  2e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.59 
 
 
324 aa  229  7e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.59 
 
 
324 aa  229  7e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.1 
 
 
347 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.48 
 
 
347 aa  227  2e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
341 aa  226  3e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.06 
 
 
353 aa  226  5.0000000000000005e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.88 
 
 
363 aa  225  7e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  44 
 
 
332 aa  225  8e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  42.36 
 
 
336 aa  225  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.36 
 
 
381 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.71 
 
 
348 aa  223  3e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.16 
 
 
331 aa  223  3e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
357 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.14 
 
 
352 aa  223  4e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.53 
 
 
332 aa  223  4e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.85 
 
 
331 aa  223  4.9999999999999996e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.58 
 
 
337 aa  222  7e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.55 
 
 
343 aa  222  8e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.78 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.06 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 
328 aa  219  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  43.18 
 
 
349 aa  220  3e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.18 
 
 
351 aa  219  3e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  41.56 
 
 
319 aa  219  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.2 
 
 
342 aa  218  7.999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.74 
 
 
333 aa  218  8.999999999999998e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  39.55 
 
 
325 aa  218  1e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.73 
 
 
337 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.78 
 
 
350 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.13 
 
 
327 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  39.81 
 
 
334 aa  218  1e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  43.75 
 
 
322 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.39 
 
 
333 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  44.72 
 
 
352 aa  218  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.39 
 
 
327 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
329 aa  216  5e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  41.64 
 
 
338 aa  215  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.89 
 
 
335 aa  215  8e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  40.38 
 
 
327 aa  215  8e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.89 
 
 
332 aa  215  9e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.06 
 
 
330 aa  215  9e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.5 
 
 
346 aa  215  9e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.32 
 
 
356 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.07 
 
 
350 aa  214  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  42.14 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  36.86 
 
 
335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  38.66 
 
 
329 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  36.86 
 
 
335 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  41.61 
 
 
329 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  39.63 
 
 
356 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  41.92 
 
 
354 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  42 
 
 
352 aa  212  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  41.99 
 
 
332 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.85 
 
 
329 aa  212  7.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  41.99 
 
 
332 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.7 
 
 
355 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  36.13 
 
 
335 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  37.42 
 
 
330 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>