More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1676 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 		 362 aa  713    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  42.86 
 
 		 317 aa  289  6e-77  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.22 
 
 		 317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  47.96 
 
 		 333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  45.37 
 
 		 320 aa  282  7.000000000000001e-75  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.48 
 
 		 349 aa  281  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.38 
 
 		 353 aa  279  4e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  48.4 
 
 		 336 aa  278  1e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.63 
 
 		 332 aa  275  6e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  50.8 
 
 		 353 aa  275  7e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  52.33 
 
 		 354 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  56.14 
 
 		 358 aa  273  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.96 
 
 		 327 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.3 
 
 		 351 aa  272  8.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.6 
 
 		 347 aa  272  8.000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.4 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  49.37 
 
 		 356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  50.69 
 
 		 350 aa  270  4e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.13 
 
 		 332 aa  269  5.9999999999999995e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.95 
 
 		 337 aa  267  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.91 
 
 		 327 aa  267  2e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.58 
 
 		 352 aa  265  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.41 
 
 		 355 aa  265  7e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  50.54 
 
 		 353 aa  265  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  54.06 
 
 		 342 aa  264  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.79 
 
 		 355 aa  264  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  53.28 
 
 		 317 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  48.99 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.48 
 
 		 331 aa  264  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.49 
 
 		 337 aa  264  2e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  54.84 
 
 		 345 aa  263  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  46.79 
 
 		 356 aa  262  6e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  43.93 
 
 		 331 aa  262  6.999999999999999e-69  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  50 
 
 		 332 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  50.69 
 
 		 337 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.65 
 
 		 355 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  48.65 
 
 		 355 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  48.65 
 
 		 355 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  48.65 
 
 		 355 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  48.65 
 
 		 355 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.65 
 
 		 355 aa  260  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.3 
 
 		 346 aa  259  4e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  48.65 
 
 		 355 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.53 
 
 		 381 aa  259  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  47.97 
 
 		 357 aa  259  7e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  51.79 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.6 
 
 		 332 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.52 
 
 		 349 aa  258  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.36 
 
 		 343 aa  258  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.04 
 
 		 357 aa  256  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.34 
 
 		 352 aa  256  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  51.93 
 
 		 341 aa  255  7e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.31 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.31 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  48.31 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  52.4 
 
 		 341 aa  255  8e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.19 
 
 		 356 aa  255  8e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  48.31 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.31 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.31 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  48.16 
 
 		 327 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  50 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  48.98 
 
 		 322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  49.49 
 
 		 349 aa  251  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.06 
 
 		 342 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  51.07 
 
 		 333 aa  251  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  44.83 
 
 		 332 aa  251  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.55 
 
 		 333 aa  250  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.64 
 
 		 338 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.65 
 
 		 356 aa  249  5e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  48.3 
 
 		 356 aa  248  9e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  49.31 
 
 		 354 aa  248  9e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.7 
 
 		 328 aa  248  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  45.4 
 
 		 338 aa  248  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  46.36 
 
 		 337 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.23 
 
 		 322 aa  247  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.36 
 
 		 342 aa  247  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  45.06 
 
 		 337 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.69 
 
 		 320 aa  247  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.48 
 
 		 333 aa  247  3e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  50.16 
 
 		 333 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  50.36 
 
 		 333 aa  245  6.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  46.03 
 
 		 337 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  46.03 
 
 		 337 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  43.35 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.34 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  46.26 
 
 		 350 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  44.94 
 
 		 332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  50 
 
 		 327 aa  243  3e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  45.25 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.64 
 
 		 315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.41 
 
 		 321 aa  242  7e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.11 
 
 		 353 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.34 
 
 		 323 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  44.15 
 
 		 319 aa  241  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  46.44 
 
 		 346 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  44.41 
 
 		 353 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.31 
 
 		 354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.23 
 
 		 350 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  44.79 
 
 		 353 aa  239  8e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>