More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5928 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
358 aa  681    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  84.18 
 
 
357 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  75.15 
 
 
342 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  73.05 
 
 
342 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  72.46 
 
 
342 aa  431  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  73.07 
 
 
341 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.87 
 
 
327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  56.33 
 
 
350 aa  326  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.16 
 
 
338 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  55.34 
 
 
349 aa  316  4e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  57.52 
 
 
333 aa  315  9.999999999999999e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.03 
 
 
333 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  56.86 
 
 
333 aa  309  4e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.58 
 
 
315 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  56.16 
 
 
337 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  56.13 
 
 
317 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  58.91 
 
 
353 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  54.57 
 
 
356 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  54.07 
 
 
332 aa  303  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  57.39 
 
 
354 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  54.66 
 
 
354 aa  302  7.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.17 
 
 
349 aa  301  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  52.98 
 
 
356 aa  297  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.67 
 
 
347 aa  293  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.1 
 
 
349 aa  288  8e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  58.65 
 
 
326 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.68 
 
 
328 aa  279  5e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  45.45 
 
 
320 aa  274  2.0000000000000002e-72  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  54.09 
 
 
345 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  53.96 
 
 
341 aa  271  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.12 
 
 
353 aa  269  7e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  54.52 
 
 
333 aa  268  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  52.7 
 
 
349 aa  265  8.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  56.21 
 
 
326 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  56.21 
 
 
326 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.54 
 
 
332 aa  265  1e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.58 
 
 
362 aa  259  4e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.54 
 
 
351 aa  256  3e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  45.31 
 
 
333 aa  250  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  41.09 
 
 
317 aa  249  5e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.82 
 
 
317 aa  247  2e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  50.32 
 
 
353 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.62 
 
 
332 aa  243  6e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  43.88 
 
 
331 aa  242  7e-63  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  45.99 
 
 
336 aa  235  1.0000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.42 
 
 
330 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.11 
 
 
346 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.99 
 
 
337 aa  231  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  46.65 
 
 
355 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.52 
 
 
355 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.52 
 
 
355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  46.52 
 
 
355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  46.52 
 
 
355 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.06 
 
 
331 aa  230  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  46.52 
 
 
355 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  45.69 
 
 
357 aa  229  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  46.52 
 
 
355 aa  230  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.26 
 
 
343 aa  229  5e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  46.33 
 
 
354 aa  228  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  46.71 
 
 
322 aa  226  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.41 
 
 
333 aa  224  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  40.91 
 
 
336 aa  224  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  48.94 
 
 
327 aa  223  3e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.2 
 
 
349 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  46.13 
 
 
356 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.51 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.69 
 
 
354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.01 
 
 
352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  46.01 
 
 
354 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  46.01 
 
 
354 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.01 
 
 
354 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.01 
 
 
354 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.01 
 
 
354 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.3 
 
 
333 aa  220  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.01 
 
 
354 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.09 
 
 
332 aa  220  3.9999999999999997e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.95 
 
 
337 aa  219  7.999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  45.11 
 
 
332 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  43.55 
 
 
332 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  46.06 
 
 
327 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.56 
 
 
321 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  51.99 
 
 
335 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  45.11 
 
 
332 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.8 
 
 
323 aa  217  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.48 
 
 
355 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  44.84 
 
 
350 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.16 
 
 
355 aa  216  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  48.6 
 
 
356 aa  216  7e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  41.69 
 
 
319 aa  215  9e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.21 
 
 
322 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  45.16 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  47.46 
 
 
356 aa  215  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  45.16 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  46.15 
 
 
346 aa  213  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  40 
 
 
327 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.1 
 
 
337 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.24 
 
 
357 aa  212  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  42.96 
 
 
343 aa  212  9e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.59 
 
 
320 aa  211  1e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  45.16 
 
 
337 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>