More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1835 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 
349 aa  698    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  84.15 
 
 
349 aa  560  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  73.16 
 
 
353 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  74.93 
 
 
354 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  72.16 
 
 
356 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  76.58 
 
 
317 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.08 
 
 
333 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  56.62 
 
 
349 aa  359  4e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.31 
 
 
347 aa  355  5e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  56.31 
 
 
333 aa  350  2e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  55.69 
 
 
333 aa  345  8.999999999999999e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.46 
 
 
338 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  54.17 
 
 
337 aa  325  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  55.73 
 
 
356 aa  324  1e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  55.66 
 
 
354 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.92 
 
 
315 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  58.04 
 
 
341 aa  314  1.9999999999999998e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.29 
 
 
327 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  51.94 
 
 
350 aa  311  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  55.75 
 
 
332 aa  308  8e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.56 
 
 
357 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  56.07 
 
 
342 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.31 
 
 
328 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  54.11 
 
 
358 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  50.45 
 
 
345 aa  299  5e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.91 
 
 
351 aa  298  9e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.59 
 
 
342 aa  298  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.82 
 
 
353 aa  295  6e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.45 
 
 
342 aa  288  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  51.04 
 
 
333 aa  286  4e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  53.85 
 
 
333 aa  286  5e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  49.47 
 
 
320 aa  284  2.0000000000000002e-75  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  53.97 
 
 
341 aa  281  9e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.04 
 
 
317 aa  280  3e-74  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  42.24 
 
 
317 aa  279  5e-74  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  56.44 
 
 
326 aa  279  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  56.85 
 
 
349 aa  277  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.94 
 
 
332 aa  277  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  56.75 
 
 
326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  56.75 
 
 
326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  50.46 
 
 
353 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.48 
 
 
362 aa  266  5e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  48.54 
 
 
331 aa  266  5e-70  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.01 
 
 
349 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.67 
 
 
352 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.32 
 
 
332 aa  249  7e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.92 
 
 
332 aa  246  4e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  42.55 
 
 
357 aa  245  9e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  46.88 
 
 
354 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.22 
 
 
353 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.95 
 
 
333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  48.28 
 
 
346 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.58 
 
 
331 aa  243  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  50.18 
 
 
336 aa  243  3e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.26 
 
 
337 aa  242  7.999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  42.6 
 
 
332 aa  241  9e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  49.31 
 
 
348 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 
355 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.92 
 
 
353 aa  240  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 
355 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  44.91 
 
 
353 aa  241  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.4 
 
 
337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 
355 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.53 
 
 
355 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 
355 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  45.05 
 
 
356 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.06 
 
 
355 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  42.38 
 
 
355 aa  238  8e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  42.94 
 
 
338 aa  238  8e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.9 
 
 
381 aa  238  9e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.52 
 
 
355 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.52 
 
 
355 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.9 
 
 
343 aa  238  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.98 
 
 
356 aa  238  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  42.38 
 
 
354 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.38 
 
 
354 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  42.38 
 
 
354 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.38 
 
 
354 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.38 
 
 
354 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.38 
 
 
354 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  44.52 
 
 
338 aa  236  4e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.77 
 
 
352 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  44.09 
 
 
327 aa  235  7e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  43.4 
 
 
343 aa  235  8e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.47 
 
 
354 aa  235  9e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  47.81 
 
 
332 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  45.26 
 
 
356 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  49.69 
 
 
335 aa  235  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.56 
 
 
356 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.4 
 
 
343 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.98 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  46.13 
 
 
350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  45.89 
 
 
337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.84 
 
 
338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.9 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.97 
 
 
343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  48.26 
 
 
356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  45.17 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.51 
 
 
321 aa  233  3e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.51 
 
 
321 aa  233  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>