More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2032 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
353 aa  712    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.59 
 
 
353 aa  443  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.94 
 
 
317 aa  370  1e-101  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  56.19 
 
 
333 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  52.24 
 
 
317 aa  360  3e-98  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.89 
 
 
351 aa  358  9.999999999999999e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.01 
 
 
332 aa  348  1e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  53.16 
 
 
320 aa  342  5e-93  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  50.91 
 
 
331 aa  336  2.9999999999999997e-91  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.24 
 
 
331 aa  313  3.9999999999999997e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.16 
 
 
337 aa  311  7.999999999999999e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  53.04 
 
 
332 aa  311  1e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.48 
 
 
333 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  50.47 
 
 
336 aa  308  1.0000000000000001e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.37 
 
 
337 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.23 
 
 
343 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  49.84 
 
 
350 aa  302  7.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.32 
 
 
355 aa  300  3e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.16 
 
 
346 aa  299  4e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  50 
 
 
355 aa  298  8e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  54.37 
 
 
341 aa  298  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  48.24 
 
 
332 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  50.16 
 
 
356 aa  296  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  52.7 
 
 
353 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  51.85 
 
 
349 aa  295  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.28 
 
 
355 aa  294  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.29 
 
 
347 aa  294  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.99 
 
 
355 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  47.99 
 
 
355 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  47.99 
 
 
355 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  47.99 
 
 
355 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  50.32 
 
 
355 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  50.16 
 
 
322 aa  293  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  51.09 
 
 
333 aa  292  6e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  50.47 
 
 
327 aa  292  6e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  49.67 
 
 
357 aa  291  8e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  50 
 
 
354 aa  291  9e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  54.93 
 
 
332 aa  291  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.17 
 
 
338 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.32 
 
 
336 aa  288  8e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  48.09 
 
 
332 aa  288  9e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  50.47 
 
 
333 aa  287  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.84 
 
 
352 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  47.77 
 
 
332 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  49.04 
 
 
337 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  48.42 
 
 
355 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  50.64 
 
 
356 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.46 
 
 
349 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  50.16 
 
 
346 aa  286  4e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  48.09 
 
 
337 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.42 
 
 
354 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.42 
 
 
354 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  48.42 
 
 
354 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  48.42 
 
 
354 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  55.19 
 
 
317 aa  285  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.42 
 
 
354 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.42 
 
 
354 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.58 
 
 
337 aa  285  8e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.33 
 
 
352 aa  285  8e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.36 
 
 
315 aa  285  8e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  54.61 
 
 
354 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  49.01 
 
 
333 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  47.77 
 
 
337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.28 
 
 
381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  50.16 
 
 
332 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  50 
 
 
354 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  47.77 
 
 
337 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.49 
 
 
349 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  48.25 
 
 
337 aa  280  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.33 
 
 
356 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  47.81 
 
 
338 aa  278  9e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  49.83 
 
 
353 aa  278  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.34 
 
 
328 aa  278  1e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.87 
 
 
353 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.31 
 
 
327 aa  276  3e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.35 
 
 
332 aa  276  3e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.46 
 
 
349 aa  276  4e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.1 
 
 
354 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.7 
 
 
321 aa  276  5e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.21 
 
 
328 aa  275  7e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  47.94 
 
 
356 aa  274  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  48.55 
 
 
353 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.77 
 
 
338 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  49.35 
 
 
348 aa  272  7e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  45.96 
 
 
338 aa  272  8.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  42.09 
 
 
343 aa  271  9e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  51.76 
 
 
337 aa  271  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  47.83 
 
 
319 aa  271  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.49 
 
 
343 aa  271  1e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  50.32 
 
 
327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.04 
 
 
333 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.63 
 
 
333 aa  269  4e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.55 
 
 
362 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.23 
 
 
342 aa  267  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.57 
 
 
350 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  54.51 
 
 
342 aa  266  4e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  45.18 
 
 
322 aa  266  4e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  50.77 
 
 
354 aa  265  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.86 
 
 
322 aa  264  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.92 
 
 
343 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>