More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0486 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
349 aa  712    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.99 
 
 
352 aa  517  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  74.42 
 
 
346 aa  513  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.78 
 
 
353 aa  513  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  73.49 
 
 
353 aa  511  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  75.83 
 
 
356 aa  502  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  72.01 
 
 
356 aa  500  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  72.67 
 
 
353 aa  496  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  72.81 
 
 
350 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  72.84 
 
 
348 aa  476  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3360  nifR3 family TIM-barrel protein  71.9 
 
 
356 aa  477  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0316669  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  68.63 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  68.32 
 
 
354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  68.32 
 
 
355 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  69.88 
 
 
352 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  68.32 
 
 
355 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  68.63 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  67.7 
 
 
357 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  68.32 
 
 
355 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  66.98 
 
 
356 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  68.01 
 
 
355 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  68.01 
 
 
355 aa  441  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.94 
 
 
354 aa  441  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  66.56 
 
 
381 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.29 
 
 
355 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.29 
 
 
355 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  67.39 
 
 
354 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  67.39 
 
 
354 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  67.39 
 
 
354 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  67.39 
 
 
354 aa  434  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  67.39 
 
 
354 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  67.39 
 
 
354 aa  434  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  66.36 
 
 
356 aa  433  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  64.69 
 
 
350 aa  421  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  61.14 
 
 
337 aa  415  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  66.77 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  63.16 
 
 
337 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  60.99 
 
 
343 aa  410  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  63.69 
 
 
338 aa  409  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.18 
 
 
346 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.77 
 
 
338 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.75 
 
 
331 aa  395  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  60.37 
 
 
332 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  60.68 
 
 
332 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  61.66 
 
 
322 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  60.68 
 
 
332 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  60.68 
 
 
332 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  58.2 
 
 
337 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.82 
 
 
337 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  58.2 
 
 
337 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  56.52 
 
 
332 aa  365  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  58.2 
 
 
337 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  58.2 
 
 
337 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.2 
 
 
336 aa  361  1e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  58.07 
 
 
327 aa  360  1e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  57.89 
 
 
337 aa  355  5e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  53.23 
 
 
343 aa  355  8.999999999999999e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  53.37 
 
 
333 aa  354  1e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  53.87 
 
 
332 aa  353  2.9999999999999997e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.92 
 
 
343 aa  352  4e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  55.42 
 
 
323 aa  346  3e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.06 
 
 
343 aa  341  1e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  53.27 
 
 
322 aa  340  2e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  54.8 
 
 
322 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  54.8 
 
 
322 aa  338  9e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  54.8 
 
 
322 aa  338  9e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  54.8 
 
 
322 aa  338  9e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  53.87 
 
 
321 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  51.69 
 
 
344 aa  335  7.999999999999999e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.56 
 
 
322 aa  335  9e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.18 
 
 
322 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  54.18 
 
 
322 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  54.18 
 
 
322 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  54.18 
 
 
322 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3443  nifR3 family TIM-barrel protein  54.49 
 
 
322 aa  333  2e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000354075  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  53.87 
 
 
320 aa  333  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  54.49 
 
 
322 aa  332  8e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4118  nifR3 family TIM-barrel protein  54.18 
 
 
322 aa  331  9e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169739  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  49.85 
 
 
338 aa  330  2e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  53.56 
 
 
321 aa  329  6e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  52.32 
 
 
321 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.16 
 
 
331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  52.01 
 
 
321 aa  326  5e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  52.02 
 
 
331 aa  323  3e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0390  nifR3 family TIM-barrel protein  52.47 
 
 
322 aa  323  3e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000241249  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  50.31 
 
 
322 aa  323  4e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.09 
 
 
321 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.09 
 
 
321 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.09 
 
 
321 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.09 
 
 
321 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.09 
 
 
321 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.7 
 
 
321 aa  322  7e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  52.63 
 
 
322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000101066  normal  0.0204748 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  53.7 
 
 
356 aa  317  3e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.78 
 
 
321 aa  316  4e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  50.78 
 
 
321 aa  316  4e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.78 
 
 
321 aa  316  4e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.78 
 
 
321 aa  316  4e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.78 
 
 
321 aa  316  4e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  50.78 
 
 
321 aa  316  4e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>