More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1363 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 
328 aa  667    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  67.08 
 
 
347 aa  434  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  67.8 
 
 
333 aa  413  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  61.08 
 
 
349 aa  358  5e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  56.57 
 
 
354 aa  348  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  62.69 
 
 
326 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  62.69 
 
 
326 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  61.47 
 
 
326 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.43 
 
 
338 aa  332  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.16 
 
 
315 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  54.98 
 
 
337 aa  322  8e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  54.89 
 
 
341 aa  321  9.999999999999999e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.31 
 
 
349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  48.73 
 
 
333 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  50.15 
 
 
353 aa  299  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.31 
 
 
349 aa  299  4e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  51.91 
 
 
356 aa  298  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  49.25 
 
 
349 aa  296  3e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  54.27 
 
 
333 aa  295  8e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  50 
 
 
354 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.69 
 
 
333 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  50.15 
 
 
332 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  52.1 
 
 
317 aa  293  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  49.21 
 
 
350 aa  291  8e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  46.08 
 
 
317 aa  290  2e-77  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  53.58 
 
 
333 aa  290  3e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  47.4 
 
 
331 aa  290  3e-77  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  50.34 
 
 
356 aa  290  3e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.74 
 
 
317 aa  288  8e-77  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.16 
 
 
353 aa  285  1.0000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  46.53 
 
 
320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  50.16 
 
 
358 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  51.77 
 
 
342 aa  280  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.91 
 
 
351 aa  280  3e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48 
 
 
332 aa  278  7e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.6 
 
 
332 aa  278  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.24 
 
 
327 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.5 
 
 
332 aa  273  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  48.25 
 
 
332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  43.89 
 
 
319 aa  269  4e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.65 
 
 
342 aa  268  8e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.35 
 
 
357 aa  267  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.39 
 
 
333 aa  267  2e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  43.25 
 
 
327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.95 
 
 
330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.92 
 
 
337 aa  265  5.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  53.1 
 
 
345 aa  265  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.69 
 
 
343 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.97 
 
 
381 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  51.21 
 
 
353 aa  264  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.45 
 
 
342 aa  263  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.19 
 
 
331 aa  263  3e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.44 
 
 
355 aa  262  6e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.44 
 
 
355 aa  262  6e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.5 
 
 
337 aa  261  8e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.77 
 
 
356 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.15 
 
 
322 aa  259  3e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  46.01 
 
 
355 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.04 
 
 
352 aa  259  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.01 
 
 
355 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  46.01 
 
 
355 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  45.69 
 
 
354 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  48.1 
 
 
356 aa  258  8e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.01 
 
 
355 aa  258  8e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  45.62 
 
 
336 aa  258  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  45.86 
 
 
333 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  46.55 
 
 
357 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  44.59 
 
 
346 aa  256  3e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  45.69 
 
 
355 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  48.56 
 
 
355 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.69 
 
 
355 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  46.6 
 
 
356 aa  256  5e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  47.75 
 
 
332 aa  255  6e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  47.75 
 
 
332 aa  255  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  48.51 
 
 
322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.15 
 
 
346 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  49.65 
 
 
327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.55 
 
 
343 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.42 
 
 
327 aa  252  6e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  42.68 
 
 
343 aa  252  7e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.95 
 
 
343 aa  251  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.84 
 
 
354 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  47.84 
 
 
354 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  47.84 
 
 
354 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.84 
 
 
354 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.84 
 
 
354 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.84 
 
 
354 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  43.08 
 
 
338 aa  248  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.71 
 
 
321 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.77 
 
 
321 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.77 
 
 
321 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.77 
 
 
321 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.77 
 
 
321 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.77 
 
 
321 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  48.43 
 
 
337 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.86 
 
 
355 aa  247  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.1 
 
 
353 aa  247  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.08 
 
 
321 aa  246  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.08 
 
 
321 aa  246  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.08 
 
 
321 aa  246  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>