More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_3077 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
329 aa  672    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.38 
 
 
325 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  67 
 
 
324 aa  411  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  58.81 
 
 
325 aa  389  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.26 
 
 
321 aa  387  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.62 
 
 
321 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  59.55 
 
 
347 aa  377  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  52.6 
 
 
342 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.38 
 
 
322 aa  276  4e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  44.11 
 
 
347 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 
324 aa  265  5.999999999999999e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  41.91 
 
 
333 aa  263  4e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  43.35 
 
 
318 aa  262  8e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.49 
 
 
320 aa  260  2e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  41.29 
 
 
319 aa  256  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.42 
 
 
326 aa  256  5e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.42 
 
 
326 aa  256  5e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  39.81 
 
 
320 aa  250  3e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  37.97 
 
 
326 aa  249  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
322 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.06 
 
 
328 aa  248  7e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 
333 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.01 
 
 
332 aa  247  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  41.03 
 
 
332 aa  246  4e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.63 
 
 
332 aa  246  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.41 
 
 
352 aa  245  8e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.71 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.32 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.95 
 
 
332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.71 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.32 
 
 
332 aa  243  5e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.02 
 
 
348 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.68 
 
 
332 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.94 
 
 
337 aa  239  5e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.66 
 
 
324 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.41 
 
 
348 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.66 
 
 
324 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  41.03 
 
 
336 aa  237  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  38.99 
 
 
334 aa  236  5.0000000000000005e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  37.14 
 
 
333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.31 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.66 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 
333 aa  233  2.0000000000000002e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.99 
 
 
351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
358 aa  233  3e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.77 
 
 
343 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  42.37 
 
 
348 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.46 
 
 
337 aa  229  6e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.94 
 
 
335 aa  229  6e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.91 
 
 
370 aa  228  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  43.71 
 
 
352 aa  228  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 
355 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.85 
 
 
357 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.42 
 
 
331 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.1 
 
 
332 aa  227  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 
355 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.49 
 
 
327 aa  226  6e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.58 
 
 
341 aa  225  1e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  36.45 
 
 
308 aa  224  1e-57  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.24 
 
 
332 aa  224  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.06 
 
 
356 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.8 
 
 
350 aa  224  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
352 aa  223  3e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  36.71 
 
 
356 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.25 
 
 
325 aa  223  3e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.08 
 
 
346 aa  222  6e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.88 
 
 
332 aa  222  7e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  39.16 
 
 
325 aa  222  7e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.74 
 
 
326 aa  222  8e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.6 
 
 
351 aa  221  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.89 
 
 
343 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.61 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.8 
 
 
354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  36.59 
 
 
355 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.97 
 
 
400 aa  220  3e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  36.59 
 
 
355 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.59 
 
 
355 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  37.85 
 
 
354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.05 
 
 
350 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  37.85 
 
 
354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 
354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.14 
 
 
381 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 
354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 
354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 
354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  40.98 
 
 
373 aa  219  7e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  36.28 
 
 
354 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  41.05 
 
 
306 aa  218  1e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  36.28 
 
 
355 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.64 
 
 
331 aa  218  1e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.4 
 
 
352 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.77 
 
 
343 aa  218  1e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.28 
 
 
355 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  41.05 
 
 
306 aa  218  1e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 
346 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  36.28 
 
 
355 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  38.8 
 
 
324 aa  217  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  37.35 
 
 
323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  38.28 
 
 
362 aa  216  5.9999999999999996e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>