More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Elen_1650 on replicon NC_013204
Organism: Eggerthella lenta DSM 2243



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 330 aa  665    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  59.35 
 
 		 341 aa  372  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.76 
 
 		 331 aa  358  7e-98  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  46.8 
 
 		 326 aa  284  1.0000000000000001e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  46.8 
 
 		 326 aa  284  1.0000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.04 
 
 		 363 aa  283  3.0000000000000004e-75  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  48.34 
 
 		 324 aa  276  3e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  44.73 
 
 		 322 aa  276  4e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  44.55 
 
 		 347 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.98 
 
 		 321 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.02 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  46.3 
 
 		 319 aa  263  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.1 
 
 		 320 aa  263  3e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  45.75 
 
 		 333 aa  262  4.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.02 
 
 		 321 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  47.78 
 
 		 325 aa  260  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.34 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.34 
 
 		 334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.14 
 
 		 326 aa  253  3e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.59 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 		 325 aa  245  9e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  45.39 
 
 		 347 aa  245  9e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.82 
 
 		 333 aa  241  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  43.23 
 
 		 318 aa  240  2.9999999999999997e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  50 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  39.12 
 
 		 325 aa  237  2e-61  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.72 
 
 		 321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.35 
 
 		 328 aa  231  2e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.41 
 
 		 357 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.38 
 
 		 327 aa  229  7e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  38.89 
 
 		 308 aa  228  8e-59  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.67 
 
 		 332 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.08 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.81 
 
 		 332 aa  227  3e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.38 
 
 		 350 aa  226  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  42.48 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.48 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.48 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.38 
 
 		 332 aa  226  6e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.48 
 
 		 332 aa  225  7e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.48 
 
 		 332 aa  225  7e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.48 
 
 		 332 aa  225  8e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.5 
 
 		 345 aa  225  9e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  42.16 
 
 		 324 aa  223  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  42.16 
 
 		 324 aa  223  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.71 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  40.78 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  41.64 
 
 		 347 aa  222  8e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.68 
 
 		 356 aa  221  9.999999999999999e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.36 
 
 		 354 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  45.48 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.64 
 
 		 354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  41.03 
 
 		 325 aa  219  5e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.17 
 
 		 398 aa  219  7e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 326 aa  218  2e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.94 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.71 
 
 		 346 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.96 
 
 		 346 aa  216  5e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.25 
 
 		 352 aa  216  5e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.98 
 
 		 335 aa  216  5e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.89 
 
 		 347 aa  215  8e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.19 
 
 		 352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.59 
 
 		 330 aa  213  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.75 
 
 		 343 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.1 
 
 		 400 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.49 
 
 		 370 aa  212  7.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.1 
 
 		 351 aa  212  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  38.91 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  43.87 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  38.73 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  37.74 
 
 		 329 aa  210  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 		 329 aa  210  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  43.38 
 
 		 352 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.1 
 
 		 336 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.1 
 
 		 336 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.06 
 
 		 331 aa  210  3e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  43.1 
 
 		 336 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  43.55 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  42.99 
 
 		 348 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  41.23 
 
 		 351 aa  209  4e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.63 
 
 		 348 aa  209  4e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  38.06 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 		 337 aa  209  5e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  41.53 
 
 		 379 aa  209  7e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.88 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.23 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.85 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  39.16 
 
 		 378 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  35.29 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.85 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.3 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  43.92 
 
 		 322 aa  207  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.26 
 
 		 348 aa  206  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.74 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.51 
 
 		 396 aa  206  5e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.33 
 
 		 388 aa  206  6e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.56 
 
 		 393 aa  205  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  38.51 
 
 		 325 aa  204  1e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  40.71 
 
 		 373 aa  204  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.85 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>