More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0661 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 354 aa  733    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.39 
 
 		 329 aa  499  1e-140  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.29 
 
 		 329 aa  494  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  74.11 
 
 		 327 aa  494  9.999999999999999e-139  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  71.99 
 
 		 332 aa  489  1e-137  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.79 
 
 		 345 aa  491  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  65.44 
 
 		 330 aa  469  1.0000000000000001e-131  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.28 
 
 		 335 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  70.66 
 
 		 327 aa  464  1e-129  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  65.65 
 
 		 329 aa  456  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.7 
 
 		 358 aa  358  8e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  52.02 
 
 		 333 aa  349  4e-95  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.96 
 
 		 348 aa  328  9e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.63 
 
 		 347 aa  323  2e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.57 
 
 		 352 aa  323  2e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.46 
 
 		 354 aa  322  4e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  50 
 
 		 347 aa  314  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.37 
 
 		 346 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.84 
 
 		 328 aa  286  5e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.34 
 
 		 347 aa  285  5.999999999999999e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  41.96 
 
 		 347 aa  260  3e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.37 
 
 		 333 aa  258  1e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.01 
 
 		 332 aa  255  8e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.14 
 
 		 332 aa  253  3e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.14 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  42.14 
 
 		 332 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.14 
 
 		 332 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.14 
 
 		 332 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.82 
 
 		 332 aa  251  1e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.74 
 
 		 332 aa  251  1e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  41.74 
 
 		 332 aa  251  2e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.29 
 
 		 333 aa  249  7e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.13 
 
 		 322 aa  249  7e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  41.12 
 
 		 332 aa  248  2e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  41.41 
 
 		 332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.28 
 
 		 337 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.58 
 
 		 351 aa  244  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.5 
 
 		 324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  41.5 
 
 		 324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  44.74 
 
 		 337 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.75 
 
 		 321 aa  242  9e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.07 
 
 		 343 aa  241  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.49 
 
 		 318 aa  241  2e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.31 
 
 		 319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  44.41 
 
 		 337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.26 
 
 		 320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  42.02 
 
 		 356 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.83 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42.43 
 
 		 332 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.43 
 
 		 332 aa  238  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.76 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.92 
 
 		 346 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  44.08 
 
 		 337 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.62 
 
 		 322 aa  237  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  39.09 
 
 		 333 aa  236  4e-61  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.26 
 
 		 333 aa  236  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  42.39 
 
 		 337 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.59 
 
 		 325 aa  235  7e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  41.05 
 
 		 335 aa  235  7e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  39.94 
 
 		 325 aa  235  9e-61  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.53 
 
 		 332 aa  235  9e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.21 
 
 		 357 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  41.1 
 
 		 353 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.32 
 
 		 322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  41 
 
 		 321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 		 353 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.45 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.1 
 
 		 353 aa  233  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.76 
 
 		 354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.23 
 
 		 336 aa  233  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  39.37 
 
 		 355 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.51 
 
 		 381 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.84 
 
 		 326 aa  231  1e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.84 
 
 		 326 aa  231  1e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 		 327 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.61 
 
 		 317 aa  231  2e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.68 
 
 		 325 aa  231  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.45 
 
 		 352 aa  230  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.37 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  39.37 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.37 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  39.37 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.37 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  39.2 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.37 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 		 356 aa  229  7e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  41.03 
 
 		 332 aa  228  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  39.6 
 
 		 347 aa  228  8e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  40.38 
 
 		 331 aa  228  1e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  39.44 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.34 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.67 
 
 		 320 aa  228  2e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.11 
 
 		 357 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 355 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 355 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.46 
 
 		 355 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  40.8 
 
 		 348 aa  227  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 355 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>