More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4974 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 398 aa  801    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.68 
 
 		 393 aa  499  1e-140  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.43 
 
 		 379 aa  488  1e-137  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  61.5 
 
 		 373 aa  464  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.69 
 
 		 394 aa  456  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  59.84 
 
 		 455 aa  448  1e-125  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.6 
 
 		 388 aa  446  1.0000000000000001e-124  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.09 
 
 		 397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.75 
 
 		 442 aa  445  1.0000000000000001e-124  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.21 
 
 		 380 aa  441  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  60 
 
 		 396 aa  444  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.2 
 
 		 400 aa  444  1e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.42 
 
 		 379 aa  441  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  59.69 
 
 		 389 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.2 
 
 		 436 aa  435  1e-121  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.92 
 
 		 419 aa  436  1e-121  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  57.29 
 
 		 406 aa  430  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  57.54 
 
 		 415 aa  431  1e-119  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  60.05 
 
 		 377 aa  430  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  62.2 
 
 		 391 aa  429  1e-119  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.97 
 
 		 394 aa  421  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.81 
 
 		 400 aa  424  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  58.81 
 
 		 392 aa  424  1e-117  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.47 
 
 		 392 aa  412  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  59.51 
 
 		 370 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  59.51 
 
 		 370 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  59.51 
 
 		 370 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  57.77 
 
 		 386 aa  400  9.999999999999999e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  60.81 
 
 		 368 aa  387  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  49.36 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.92 
 
 		 384 aa  358  9.999999999999999e-98  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.18 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.39 
 
 		 326 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.39 
 
 		 326 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  41.3 
 
 		 319 aa  242  9e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.69 
 
 		 347 aa  238  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.26 
 
 		 322 aa  229  6e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.83 
 
 		 332 aa  229  7e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36 
 
 		 320 aa  229  8e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.25 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.32 
 
 		 325 aa  228  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  35.49 
 
 		 325 aa  227  3e-58  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.32 
 
 		 321 aa  226  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 		 324 aa  226  7e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.56 
 
 		 328 aa  225  9e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.56 
 
 		 325 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.91 
 
 		 324 aa  223  6e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.43 
 
 		 327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  39.74 
 
 		 347 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.26 
 
 		 342 aa  219  8.999999999999998e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.92 
 
 		 333 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.44 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.68 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.94 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.45 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.68 
 
 		 332 aa  216  4e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.68 
 
 		 332 aa  216  5e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.78 
 
 		 327 aa  216  7e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.69 
 
 		 333 aa  216  8e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 		 353 aa  215  9e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.37 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.94 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.98 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.14 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.17 
 
 		 330 aa  214  2.9999999999999995e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.89 
 
 		 324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.36 
 
 		 332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.89 
 
 		 324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.1 
 
 		 337 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.87 
 
 		 346 aa  212  7.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.74 
 
 		 333 aa  212  1e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 		 318 aa  212  1e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.33 
 
 		 352 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.08 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.1 
 
 		 323 aa  211  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.98 
 
 		 332 aa  210  4e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.69 
 
 		 326 aa  209  6e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.78 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.39 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  37.65 
 
 		 333 aa  207  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.81 
 
 		 321 aa  206  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.6 
 
 		 381 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  39.25 
 
 		 319 aa  206  5e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.7 
 
 		 346 aa  205  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.5 
 
 		 325 aa  205  1e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.22 
 
 		 355 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.22 
 
 		 355 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 		 336 aa  205  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.17 
 
 		 329 aa  205  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  38.58 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.82 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.8 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.82 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  40.41 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>