More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2731 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 333 aa  687    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 325 aa  265  7e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  43.85 
 
 		 322 aa  248  1e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.85 
 
 		 318 aa  242  6e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  41.16 
 
 		 347 aa  242  7.999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.61 
 
 		 320 aa  239  4e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.03 
 
 		 325 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.41 
 
 		 324 aa  235  7e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.94 
 
 		 354 aa  235  9e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.8 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.35 
 
 		 328 aa  229  5e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.63 
 
 		 322 aa  229  6e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 		 329 aa  228  9e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.08 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.19 
 
 		 326 aa  227  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.26 
 
 		 333 aa  228  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.78 
 
 		 321 aa  226  4e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 321 aa  226  4e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.72 
 
 		 347 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.84 
 
 		 319 aa  223  3e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.65 
 
 		 354 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 		 348 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 		 347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.13 
 
 		 334 aa  219  7e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.41 
 
 		 326 aa  219  7e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.41 
 
 		 326 aa  219  7e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.72 
 
 		 346 aa  217  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.85 
 
 		 333 aa  216  4e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.16 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.56 
 
 		 324 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.58 
 
 		 342 aa  215  7e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.02 
 
 		 328 aa  215  7e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  38.23 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 		 329 aa  212  5.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.77 
 
 		 400 aa  211  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.19 
 
 		 352 aa  209  6e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.89 
 
 		 329 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  36.42 
 
 		 329 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  37.27 
 
 		 346 aa  206  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.04 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.22 
 
 		 358 aa  203  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 		 333 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.58 
 
 		 352 aa  202  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.59 
 
 		 347 aa  202  6e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.44 
 
 		 398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  35.91 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.83 
 
 		 327 aa  199  3.9999999999999996e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.85 
 
 		 393 aa  199  5e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.25 
 
 		 442 aa  199  5e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.89 
 
 		 345 aa  199  6e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.13 
 
 		 394 aa  199  6e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.04 
 
 		 335 aa  199  6e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.54 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  35.38 
 
 		 332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  34.46 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.93 
 
 		 400 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.39 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  35.35 
 
 		 349 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.17 
 
 		 348 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 		 348 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.36 
 
 		 380 aa  195  8.000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.16 
 
 		 352 aa  195  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  33.43 
 
 		 391 aa  194  1e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.28 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.71 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.64 
 
 		 406 aa  194  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.75 
 
 		 388 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  36.06 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  35.14 
 
 		 335 aa  193  4e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.38 
 
 		 396 aa  192  5e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  34.7 
 
 		 325 aa  192  5e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  35.78 
 
 		 355 aa  192  8e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  35.06 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.07 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.69 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.07 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.03 
 
 		 384 aa  192  1e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.07 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36.07 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.07 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  34.46 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.07 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.07 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.06 
 
 		 355 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  34.67 
 
 		 330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.6 
 
 		 355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.95 
 
 		 351 aa  190  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.88 
 
 		 326 aa  189  5e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.14 
 
 		 419 aa  189  8e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.81 
 
 		 356 aa  189  8e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.71 
 
 		 381 aa  189  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  32.61 
 
 		 414 aa  188  1e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.06 
 
 		 436 aa  188  1e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.28 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.25 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  35.47 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 		 370 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>