More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCC8801_2368 on replicon NC_011726
Organism: Cyanothece sp. PCC 8801



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
336 aa  699    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
336 aa  699    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  82.1 
 
 
337 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  73.93 
 
 
350 aa  525  1e-148  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  73.62 
 
 
334 aa  518  1e-146  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  73.54 
 
 
351 aa  509  1e-143  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.56 
 
 
357 aa  488  1e-137  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  49.35 
 
 
335 aa  318  1e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.73 
 
 
335 aa  317  3e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  48.55 
 
 
335 aa  312  4.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.62 
 
 
356 aa  306  4.0000000000000004e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.39 
 
 
330 aa  300  2e-80  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.75 
 
 
334 aa  300  3e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  47.02 
 
 
330 aa  298  1e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  46.13 
 
 
335 aa  298  1e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.35 
 
 
333 aa  291  1e-77  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  48.12 
 
 
336 aa  288  9e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  42.11 
 
 
333 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  41.64 
 
 
319 aa  249  5e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.25 
 
 
322 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.52 
 
 
351 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  42.76 
 
 
320 aa  247  2e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.69 
 
 
321 aa  246  3e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.68 
 
 
320 aa  245  6.999999999999999e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40.89 
 
 
347 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.31 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.8 
 
 
326 aa  239  6.999999999999999e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.8 
 
 
326 aa  239  6.999999999999999e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 
322 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.88 
 
 
354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.58 
 
 
348 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.26 
 
 
347 aa  230  3e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.16 
 
 
352 aa  229  4e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.37 
 
 
346 aa  228  8e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.96 
 
 
327 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.39 
 
 
353 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.37 
 
 
328 aa  226  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.6 
 
 
347 aa  226  6e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.52 
 
 
317 aa  225  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 
328 aa  223  4e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.55 
 
 
337 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 
357 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 
327 aa  222  8e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  37.77 
 
 
350 aa  220  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  39.05 
 
 
355 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  39.39 
 
 
331 aa  219  6e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
343 aa  219  7e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.48 
 
 
333 aa  218  8.999999999999998e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.05 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  39.05 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.05 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  39.05 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.96 
 
 
342 aa  218  1e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.05 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.05 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.73 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.1 
 
 
332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.05 
 
 
328 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  40.41 
 
 
354 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.92 
 
 
347 aa  216  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.38 
 
 
354 aa  215  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 
355 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 
355 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.59 
 
 
317 aa  214  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  39.31 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  42.35 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.87 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.31 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 
329 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  39.3 
 
 
355 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 
341 aa  213  3.9999999999999995e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.3 
 
 
355 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  39.3 
 
 
355 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 
325 aa  212  9e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 
353 aa  211  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.74 
 
 
350 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.08 
 
 
321 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  37.5 
 
 
354 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.33 
 
 
338 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.02 
 
 
356 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.64 
 
 
347 aa  211  2e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.16 
 
 
355 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.74 
 
 
324 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.75 
 
 
352 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.89 
 
 
381 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.1 
 
 
333 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  39.39 
 
 
332 aa  210  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  36.99 
 
 
325 aa  209  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.01 
 
 
357 aa  209  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  38.75 
 
 
349 aa  209  7e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.05 
 
 
354 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.77 
 
 
356 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.81 
 
 
393 aa  208  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  41.37 
 
 
358 aa  208  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.31 
 
 
323 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  36.14 
 
 
353 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  38.2 
 
 
333 aa  207  3e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.76 
 
 
334 aa  207  3e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.06 
 
 
352 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>