More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0018 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 335 aa  694    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.83 
 
 		 329 aa  497  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.94 
 
 		 329 aa  497  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.28 
 
 		 354 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.41 
 
 		 327 aa  448  1e-125  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  63.78 
 
 		 332 aa  450  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  65.22 
 
 		 329 aa  449  1e-125  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  65.53 
 
 		 327 aa  444  1e-123  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.3 
 
 		 345 aa  437  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  59.94 
 
 		 330 aa  429  1e-119  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.9 
 
 		 358 aa  338  9e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  49.53 
 
 		 333 aa  329  5.0000000000000004e-89  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.42 
 
 		 348 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.84 
 
 		 354 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.47 
 
 		 352 aa  298  6e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.15 
 
 		 347 aa  298  1e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  47.47 
 
 		 347 aa  298  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.15 
 
 		 346 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.94 
 
 		 347 aa  268  1e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.63 
 
 		 328 aa  256  6e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 		 347 aa  247  3e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.38 
 
 		 320 aa  238  2e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.8 
 
 		 333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.18 
 
 		 343 aa  232  6e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.85 
 
 		 343 aa  230  2e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 		 332 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.45 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.54 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.45 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.65 
 
 		 322 aa  225  7e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.81 
 
 		 320 aa  225  1e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36.14 
 
 		 332 aa  224  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.14 
 
 		 332 aa  224  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 		 357 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.14 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.84 
 
 		 332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.14 
 
 		 332 aa  222  6e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.25 
 
 		 331 aa  222  6e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.49 
 
 		 333 aa  222  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  36.02 
 
 		 322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.6 
 
 		 351 aa  221  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.84 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.41 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.7 
 
 		 321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 		 333 aa  219  5e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  36.88 
 
 		 319 aa  218  8.999999999999998e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.18 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.83 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.83 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.69 
 
 		 325 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.68 
 
 		 321 aa  216  4e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.6 
 
 		 321 aa  216  5e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 		 334 aa  215  7e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  38.69 
 
 		 325 aa  215  8e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.54 
 
 		 381 aa  215  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  38.76 
 
 		 344 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.74 
 
 		 335 aa  215  9.999999999999999e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.14 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.18 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.65 
 
 		 333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.13 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.13 
 
 		 332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.76 
 
 		 346 aa  212  7e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.37 
 
 		 326 aa  212  7.999999999999999e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.37 
 
 		 326 aa  212  7.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.19 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.6 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.82 
 
 		 355 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.82 
 
 		 355 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.42 
 
 		 350 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 		 332 aa  210  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  37.5 
 
 		 356 aa  210  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.5 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.14 
 
 		 317 aa  209  4e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 		 325 aa  209  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  35.08 
 
 		 333 aa  209  5e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  34.04 
 
 		 353 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.42 
 
 		 334 aa  209  8e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.18 
 
 		 331 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.36 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 		 357 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.79 
 
 		 337 aa  207  3e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.14 
 
 		 334 aa  207  3e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  37.12 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.23 
 
 		 353 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 		 353 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  35.87 
 
 		 353 aa  206  7e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  35.29 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 		 337 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 		 337 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.59 
 
 		 347 aa  205  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.37 
 
 		 332 aa  204  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.06 
 
 		 354 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.82 
 
 		 342 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  39.74 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  36.42 
 
 		 346 aa  203  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 338 aa  202  4e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  32.63 
 
 		 354 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>