More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0021 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
333 aa  685    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  52.62 
 
 
330 aa  361  1e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.02 
 
 
354 aa  349  3e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.47 
 
 
329 aa  348  9e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  50.77 
 
 
329 aa  345  6e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.85 
 
 
327 aa  342  5e-93  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.85 
 
 
329 aa  340  2e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.53 
 
 
335 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.15 
 
 
345 aa  328  7e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  47.22 
 
 
332 aa  325  9e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  51.95 
 
 
327 aa  318  7e-86  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.17 
 
 
348 aa  293  2e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.19 
 
 
354 aa  293  4e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.48 
 
 
347 aa  292  5e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  47.35 
 
 
347 aa  290  2e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.4 
 
 
358 aa  290  3e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.91 
 
 
352 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.37 
 
 
346 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.41 
 
 
347 aa  256  5e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
334 aa  237  2e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 
322 aa  233  5e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.24 
 
 
381 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.94 
 
 
343 aa  226  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.66 
 
 
343 aa  224  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.14 
 
 
356 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.45 
 
 
337 aa  223  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.94 
 
 
332 aa  222  9e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  41.75 
 
 
343 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.88 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.88 
 
 
332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.15 
 
 
331 aa  220  3e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  39.05 
 
 
335 aa  220  3e-56  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.26 
 
 
347 aa  218  7.999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.5 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.61 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.53 
 
 
322 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 
324 aa  217  2e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.08 
 
 
336 aa  217  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.31 
 
 
332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.59 
 
 
328 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.78 
 
 
332 aa  216  4e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.78 
 
 
332 aa  216  4e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.48 
 
 
355 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  40.5 
 
 
355 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.79 
 
 
355 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  40.5 
 
 
355 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.5 
 
 
355 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.5 
 
 
355 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  40.5 
 
 
355 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.78 
 
 
332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.5 
 
 
355 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.86 
 
 
332 aa  215  9e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37 
 
 
332 aa  215  9e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37 
 
 
332 aa  215  9e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.69 
 
 
331 aa  215  9e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  40.43 
 
 
356 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.42 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  40.14 
 
 
354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.34 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.88 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  42.18 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.28 
 
 
351 aa  213  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.14 
 
 
332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.81 
 
 
318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  39.51 
 
 
353 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.08 
 
 
327 aa  212  7e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.48 
 
 
350 aa  212  7.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.86 
 
 
321 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.06 
 
 
325 aa  211  1e-53  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.21 
 
 
321 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.95 
 
 
333 aa  210  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  44.81 
 
 
337 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.51 
 
 
332 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  36.05 
 
 
335 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.13 
 
 
333 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.69 
 
 
323 aa  210  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.86 
 
 
321 aa  209  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  39.86 
 
 
338 aa  209  5e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.7 
 
 
354 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  37.7 
 
 
354 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  37.7 
 
 
354 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.04 
 
 
353 aa  209  6e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.7 
 
 
354 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.7 
 
 
354 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  44.81 
 
 
337 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.14 
 
 
334 aa  209  6e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.7 
 
 
354 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.8 
 
 
346 aa  209  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.21 
 
 
321 aa  208  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  44.4 
 
 
337 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.63 
 
 
317 aa  207  2e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.65 
 
 
335 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>