More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMT9312_1019 on replicon NC_007577
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9312



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  94.63 
 
 
335 aa  648    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 
335 aa  673    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  94.93 
 
 
335 aa  647    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  79.94 
 
 
335 aa  552  1e-156  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  56.44 
 
 
330 aa  382  1e-105  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  57.72 
 
 
330 aa  384  1e-105  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.13 
 
 
356 aa  369  1e-101  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.25 
 
 
333 aa  365  1e-100  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  54.55 
 
 
336 aa  360  2e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  49.85 
 
 
334 aa  318  7.999999999999999e-86  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.04 
 
 
357 aa  316  3e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.32 
 
 
337 aa  315  6e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.09 
 
 
350 aa  310  2e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.73 
 
 
336 aa  302  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.73 
 
 
336 aa  302  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  48.08 
 
 
351 aa  300  2e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.32 
 
 
334 aa  252  6e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.56 
 
 
322 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  41.94 
 
 
320 aa  237  2e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.37 
 
 
332 aa  236  4e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.67 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.06 
 
 
333 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.42 
 
 
319 aa  231  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.77 
 
 
353 aa  230  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.8 
 
 
351 aa  230  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  42.02 
 
 
317 aa  230  3e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  40.8 
 
 
331 aa  227  2e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.29 
 
 
347 aa  223  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.44 
 
 
328 aa  223  4e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.83 
 
 
327 aa  222  7e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.66 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.77 
 
 
343 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  37.3 
 
 
350 aa  220  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  36.39 
 
 
350 aa  219  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 
322 aa  219  7e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.07 
 
 
346 aa  217  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.09 
 
 
354 aa  217  2e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.31 
 
 
321 aa  217  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
353 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.86 
 
 
347 aa  216  4e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.26 
 
 
318 aa  216  5e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.89 
 
 
326 aa  215  9e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.97 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.96 
 
 
328 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.66 
 
 
348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.7 
 
 
328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.01 
 
 
347 aa  212  7e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.8 
 
 
332 aa  211  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  42.66 
 
 
327 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.07 
 
 
352 aa  209  4e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.09 
 
 
327 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.19 
 
 
327 aa  209  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.5 
 
 
337 aa  209  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.16 
 
 
342 aa  208  8e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  35.65 
 
 
333 aa  207  2e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.06 
 
 
353 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 
332 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.51 
 
 
326 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.51 
 
 
326 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 
354 aa  207  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.29 
 
 
347 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  34.98 
 
 
326 aa  206  3e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.09 
 
 
333 aa  207  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  35.67 
 
 
336 aa  207  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.5 
 
 
325 aa  206  6e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  35.12 
 
 
346 aa  205  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  39.64 
 
 
332 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.14 
 
 
362 aa  205  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.52 
 
 
343 aa  205  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.04 
 
 
381 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.75 
 
 
352 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.62 
 
 
346 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.18 
 
 
343 aa  204  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  33.75 
 
 
353 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  37.12 
 
 
356 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.03 
 
 
331 aa  203  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.38 
 
 
327 aa  203  4e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  36.79 
 
 
322 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.46 
 
 
345 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  36.39 
 
 
354 aa  202  9e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.41 
 
 
329 aa  201  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.27 
 
 
355 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.27 
 
 
355 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.84 
 
 
332 aa  201  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.25 
 
 
321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.85 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.95 
 
 
350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  35.71 
 
 
356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  34.8 
 
 
356 aa  200  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.7 
 
 
356 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.25 
 
 
321 aa  199  5e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  36.3 
 
 
354 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  39.36 
 
 
345 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  36.61 
 
 
344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  33.13 
 
 
353 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.87 
 
 
341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  34.88 
 
 
355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  34.88 
 
 
355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  37.1 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>