More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NATL1_04411 on replicon NC_008819
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL1A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  97.88 
 
 		 330 aa  662    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 		 330 aa  672    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  63.16 
 
 		 336 aa  411  1e-114  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  60.87 
 
 		 356 aa  411  1e-114  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  59.82 
 
 		 333 aa  397  1e-109  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.72 
 
 		 335 aa  384  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  57.72 
 
 		 335 aa  383  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  56.13 
 
 		 335 aa  382  1e-105  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  58.44 
 
 		 335 aa  375  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.41 
 
 		 350 aa  300  3e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.9 
 
 		 337 aa  299  5e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.23 
 
 		 357 aa  295  7e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  45.05 
 
 		 351 aa  290  2e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  46.73 
 
 		 334 aa  289  4e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.02 
 
 		 336 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.02 
 
 		 336 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50 
 
 		 334 aa  244  9.999999999999999e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.26 
 
 		 322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.64 
 
 		 348 aa  227  3e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.96 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 		 327 aa  223  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.66 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.6 
 
 		 352 aa  216  4e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.74 
 
 		 351 aa  214  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.14 
 
 		 322 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.14 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.89 
 
 		 320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.67 
 
 		 328 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 		 326 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.16 
 
 		 353 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.12 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.54 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.11 
 
 		 334 aa  208  8e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.26 
 
 		 354 aa  208  1e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.73 
 
 		 326 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.73 
 
 		 326 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.61 
 
 		 346 aa  206  6e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.39 
 
 		 332 aa  206  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.57 
 
 		 330 aa  205  1e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  36.72 
 
 		 336 aa  205  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  36.67 
 
 		 347 aa  203  3e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.46 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 		 353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.95 
 
 		 328 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.93 
 
 		 327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.9 
 
 		 362 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  36.16 
 
 		 346 aa  199  3.9999999999999996e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.57 
 
 		 333 aa  199  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.81 
 
 		 337 aa  198  9e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  39.78 
 
 		 332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.89 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.89 
 
 		 317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.79 
 
 		 333 aa  196  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  34.43 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.71 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 		 355 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 		 355 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.04 
 
 		 327 aa  192  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  36.64 
 
 		 347 aa  192  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.54 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.14 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  41.09 
 
 		 345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  38.12 
 
 		 322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  34.97 
 
 		 329 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  35.71 
 
 		 357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  36.62 
 
 		 355 aa  190  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.54 
 
 		 333 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.31 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.59 
 
 		 353 aa  189  5e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.31 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  36.31 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.31 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  36.31 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.25 
 
 		 352 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.31 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.2 
 
 		 342 aa  189  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.97 
 
 		 321 aa  188  9e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.24 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.16 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.59 
 
 		 353 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.21 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  32.8 
 
 		 343 aa  187  3e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  36.25 
 
 		 350 aa  186  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.05 
 
 		 324 aa  186  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  36.33 
 
 		 356 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.08 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.21 
 
 		 332 aa  186  4e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  36.55 
 
 		 353 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.9 
 
 		 346 aa  186  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.88 
 
 		 381 aa  186  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.88 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  33.88 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 		 327 aa  186  7e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.88 
 
 		 332 aa  185  7e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 		 354 aa  186  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>