More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_1525 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 320 aa  662    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 		 332 aa  222  7e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.6 
 
 		 370 aa  222  7e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 		 328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  39.42 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.42 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 		 333 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.42 
 
 		 332 aa  219  7e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 		 324 aa  219  7e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 		 324 aa  219  7e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.12 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.74 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.1 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.1 
 
 		 332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.3 
 
 		 318 aa  215  7e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.2 
 
 		 347 aa  215  8e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  38.23 
 
 		 333 aa  213  3.9999999999999995e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.71 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.63 
 
 		 325 aa  212  7e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.34 
 
 		 342 aa  212  7.999999999999999e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.54 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  40.91 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.76 
 
 		 358 aa  208  8e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 326 aa  208  9e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.59 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.36 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.36 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  37.99 
 
 		 335 aa  207  3e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.07 
 
 		 322 aa  205  7e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.04 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.02 
 
 		 337 aa  202  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  36.03 
 
 		 325 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  39.27 
 
 		 357 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 		 321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.86 
 
 		 347 aa  199  6e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.67 
 
 		 381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.12 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  38.64 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.62 
 
 		 354 aa  195  7e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 		 352 aa  195  7e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.41 
 
 		 355 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  34.52 
 
 		 329 aa  195  9e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  39.12 
 
 		 354 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.94 
 
 		 343 aa  194  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  38.22 
 
 		 338 aa  195  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.79 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  38.8 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.03 
 
 		 350 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.8 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.8 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.8 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.8 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  38.8 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.8 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  38.14 
 
 		 362 aa  193  3e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.46 
 
 		 356 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.19 
 
 		 329 aa  192  7e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  34.19 
 
 		 347 aa  192  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  38.8 
 
 		 354 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  38.8 
 
 		 354 aa  192  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.8 
 
 		 354 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.8 
 
 		 354 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.8 
 
 		 354 aa  192  9e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.71 
 
 		 351 aa  192  9e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.8 
 
 		 354 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.45 
 
 		 333 aa  192  9e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.46 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.56 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.83 
 
 		 333 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.33 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  38.14 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  40.89 
 
 		 356 aa  189  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  36.07 
 
 		 349 aa  189  5e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.28 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  34.71 
 
 		 325 aa  189  7e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.3 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.28 
 
 		 326 aa  189  8e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.95 
 
 		 334 aa  189  8e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  43.5 
 
 		 319 aa  188  9e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.25 
 
 		 353 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  37.46 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  34.18 
 
 		 373 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.92 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.08 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.38 
 
 		 331 aa  187  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.25 
 
 		 353 aa  186  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  35.56 
 
 		 346 aa  185  8e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 		 347 aa  185  8e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.33 
 
 		 332 aa  185  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.94 
 
 		 338 aa  185  9e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  40.08 
 
 		 333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.65 
 
 		 321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.54 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  42.56 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  42.98 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>