More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3463 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
324 aa  672    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  49.2 
 
 
378 aa  328  7e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  51.27 
 
 
449 aa  326  3e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2019  dihydrouridine synthase DuS  48.56 
 
 
351 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  48.73 
 
 
331 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  46.86 
 
 
328 aa  278  8e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.99 
 
 
321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.64 
 
 
321 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.8 
 
 
329 aa  208  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  36.51 
 
 
347 aa  206  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.59 
 
 
324 aa  205  7e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.93 
 
 
325 aa  205  9e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.99 
 
 
347 aa  200  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.53 
 
 
320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.49 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.66 
 
 
322 aa  194  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.1 
 
 
325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
318 aa  185  9e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.69 
 
 
326 aa  182  1e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.55 
 
 
322 aa  178  9e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.02 
 
 
334 aa  177  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  33.66 
 
 
319 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.44 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.32 
 
 
358 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  33.65 
 
 
326 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.55 
 
 
333 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  32.15 
 
 
326 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  32.15 
 
 
326 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.74 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
324 aa  172  7.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.89 
 
 
328 aa  169  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.55 
 
 
352 aa  167  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.68 
 
 
333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  32.59 
 
 
333 aa  165  9e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  33.11 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.95 
 
 
337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.7 
 
 
354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.12 
 
 
341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.65 
 
 
348 aa  163  3e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.53 
 
 
330 aa  162  6e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  31.1 
 
 
307 aa  162  9e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 
326 aa  162  9e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.13 
 
 
347 aa  161  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  29.93 
 
 
332 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.1 
 
 
357 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.7 
 
 
354 aa  160  3e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  31.76 
 
 
349 aa  160  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.76 
 
 
327 aa  159  8e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  31.89 
 
 
362 aa  159  8e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.57 
 
 
346 aa  159  8e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.43 
 
 
318 aa  159  9e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  30.62 
 
 
301 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.83 
 
 
351 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.63 
 
 
329 aa  158  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.86 
 
 
308 aa  157  2e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  33.57 
 
 
334 aa  158  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  29.94 
 
 
332 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  29.94 
 
 
332 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.25 
 
 
332 aa  157  3e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 
325 aa  157  3e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  29.62 
 
 
332 aa  156  4e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  33.22 
 
 
351 aa  156  5.0000000000000005e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.24 
 
 
351 aa  156  5.0000000000000005e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.58 
 
 
379 aa  156  6e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  29.62 
 
 
332 aa  155  9e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  28.89 
 
 
333 aa  155  1e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  29.62 
 
 
332 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  29.94 
 
 
332 aa  155  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  29.76 
 
 
310 aa  154  1e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  29.62 
 
 
324 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  29.62 
 
 
332 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  29.84 
 
 
324 aa  154  2e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  29.62 
 
 
332 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  29.62 
 
 
324 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  33 
 
 
336 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  33 
 
 
336 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  28.06 
 
 
305 aa  153  4e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  27.97 
 
 
330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.97 
 
 
347 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.97 
 
 
327 aa  152  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.52 
 
 
350 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  27.87 
 
 
333 aa  151  2e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.23 
 
 
379 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.35 
 
 
335 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.92 
 
 
328 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.61 
 
 
305 aa  150  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  31.85 
 
 
335 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  30.74 
 
 
318 aa  150  3e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.03 
 
 
335 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.62 
 
 
308 aa  149  4e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.53 
 
 
321 aa  150  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.66 
 
 
331 aa  149  5e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.57 
 
 
393 aa  149  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  30.56 
 
 
325 aa  149  8e-35  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.93 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.01 
 
 
352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  29.45 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  29.97 
 
 
353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>