More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_1528 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 301 aa  616  1e-175  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.07 
 
 		 321 aa  219  6e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  44.64 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.66 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.48 
 
 		 324 aa  215  8e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  39.09 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  39.09 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.22 
 
 		 333 aa  212  4.9999999999999996e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  36.68 
 
 		 347 aa  208  9e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.67 
 
 		 326 aa  207  1e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.67 
 
 		 326 aa  207  1e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.88 
 
 		 329 aa  204  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  41.13 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  35.5 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.69 
 
 		 322 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.08 
 
 		 342 aa  198  9e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  35.5 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.76 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.87 
 
 		 352 aa  197  3e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.2 
 
 		 328 aa  196  5.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.06 
 
 		 352 aa  196  6e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.93 
 
 		 333 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  34.6 
 
 		 322 aa  192  6e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.76 
 
 		 354 aa  191  9e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  37.3 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.24 
 
 		 348 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 		 329 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.41 
 
 		 326 aa  189  5e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.22 
 
 		 328 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.1 
 
 		 333 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.19 
 
 		 321 aa  188  9e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.06 
 
 		 348 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.67 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.16 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.06 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.83 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.04 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.48 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  39.78 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.81 
 
 		 358 aa  186  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.36 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.98 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 		 334 aa  185  8e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  35.74 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.99 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.93 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.06 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.74 
 
 		 351 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 		 332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.06 
 
 		 332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.55 
 
 		 345 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  34.65 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.79 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  35.02 
 
 		 322 aa  182  7e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.74 
 
 		 332 aa  182  7e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  37 
 
 		 338 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.42 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.77 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.42 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.31 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.66 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.74 
 
 		 332 aa  179  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.66 
 
 		 318 aa  179  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.52 
 
 		 354 aa  179  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.77 
 
 		 363 aa  178  9e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  35.52 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  36.48 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.07 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  37.94 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.88 
 
 		 325 aa  176  4e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.18 
 
 		 330 aa  176  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  36.36 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.74 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.43 
 
 		 335 aa  176  6e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.78 
 
 		 337 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.09 
 
 		 357 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 329 aa  174  9.999999999999999e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  35.59 
 
 		 327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  34.68 
 
 		 332 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  34.68 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.58 
 
 		 322 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 		 327 aa  172  7.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  34.34 
 
 		 332 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  33.99 
 
 		 355 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0013  NifR3/Smm1 family protein  32.79 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.77 
 
 		 354 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.22 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  34.1 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  35.02 
 
 		 337 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  35.02 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.05 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>