More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCC13826_0937 on replicon NC_009802
Organism: Campylobacter concisus 13826



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  100 
 
 
307 aa  629  1e-179  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  80.13 
 
 
307 aa  514  1.0000000000000001e-145  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  68.63 
 
 
306 aa  434  1e-121  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  66.23 
 
 
310 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  64.17 
 
 
308 aa  407  1e-113  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  64.38 
 
 
305 aa  408  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  64.5 
 
 
308 aa  410  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  64.38 
 
 
308 aa  406  1.0000000000000001e-112  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  59.09 
 
 
312 aa  369  1e-101  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.37 
 
 
318 aa  344  1e-93  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.56 
 
 
328 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.83 
 
 
346 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.26 
 
 
351 aa  208  7e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.1 
 
 
337 aa  208  9e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  39.1 
 
 
320 aa  206  3e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.74 
 
 
355 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.74 
 
 
355 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  37.42 
 
 
356 aa  202  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.38 
 
 
326 aa  202  9e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.38 
 
 
326 aa  202  9e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.06 
 
 
356 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  37.83 
 
 
323 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 
336 aa  200  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.42 
 
 
337 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  36.42 
 
 
357 aa  198  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  36.74 
 
 
350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.38 
 
 
355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.06 
 
 
352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.98 
 
 
381 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.06 
 
 
354 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.08 
 
 
321 aa  197  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.31 
 
 
343 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.06 
 
 
354 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.42 
 
 
354 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  36.42 
 
 
354 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  36.42 
 
 
354 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.42 
 
 
354 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.42 
 
 
354 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.42 
 
 
354 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.16 
 
 
328 aa  195  9e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.36 
 
 
317 aa  194  2e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.6 
 
 
324 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.06 
 
 
331 aa  193  2e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  37.1 
 
 
337 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  34.3 
 
 
347 aa  193  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.8 
 
 
321 aa  192  5e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.42 
 
 
354 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.69 
 
 
342 aa  192  6e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 
332 aa  192  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.31 
 
 
320 aa  192  6e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.77 
 
 
337 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  34.09 
 
 
325 aa  191  9e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.44 
 
 
319 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  34.63 
 
 
326 aa  191  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.97 
 
 
347 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  36.1 
 
 
355 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.46 
 
 
317 aa  191  1e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.9 
 
 
332 aa  191  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.1 
 
 
355 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.1 
 
 
355 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  36.1 
 
 
355 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  36.1 
 
 
355 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.08 
 
 
321 aa  190  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.1 
 
 
355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.23 
 
 
343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 
338 aa  189  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  38.34 
 
 
338 aa  189  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
327 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  36.57 
 
 
332 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  35.81 
 
 
322 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.91 
 
 
343 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  35.67 
 
 
353 aa  188  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.25 
 
 
322 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.3 
 
 
332 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.16 
 
 
333 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  37.92 
 
 
346 aa  186  6e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.37 
 
 
352 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 
348 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.6 
 
 
327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.13 
 
 
336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.62 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.76 
 
 
353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  35.53 
 
 
337 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  36.25 
 
 
332 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  34.91 
 
 
337 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.48 
 
 
350 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  35.22 
 
 
337 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.57 
 
 
333 aa  182  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  35.22 
 
 
337 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.66 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.66 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.15 
 
 
332 aa  181  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.66 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.66 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.66 
 
 
321 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.66 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.66 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.66 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>