More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_0247 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 		 306 aa  626  1e-178  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  69.28 
 
 		 307 aa  441  1e-123  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.63 
 
 		 307 aa  434  1e-121  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  62.99 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  62.3 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  61.64 
 
 		 305 aa  399  9.999999999999999e-111  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  60.33 
 
 		 308 aa  393  1e-108  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  60.66 
 
 		 308 aa  394  1e-108  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  56.77 
 
 		 318 aa  359  3e-98  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  56.21 
 
 		 312 aa  355  5.999999999999999e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.63 
 
 		 328 aa  225  9e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 		 336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.91 
 
 		 351 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.34 
 
 		 337 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 		 346 aa  212  7e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.96 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  40 
 
 		 326 aa  209  5e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  40 
 
 		 326 aa  209  5e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.77 
 
 		 353 aa  208  9e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.14 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 		 333 aa  206  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.9 
 
 		 332 aa  205  7e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  36.04 
 
 		 350 aa  205  9e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.36 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 		 357 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  36.45 
 
 		 356 aa  199  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  38.59 
 
 		 327 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.13 
 
 		 381 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.92 
 
 		 356 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.05 
 
 		 352 aa  198  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  36.86 
 
 		 354 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 		 355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.39 
 
 		 325 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.39 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  33.55 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  35.97 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.98 
 
 		 321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  35.28 
 
 		 322 aa  196  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.13 
 
 		 337 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  36.91 
 
 		 353 aa  194  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.86 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.25 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  36.54 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.54 
 
 		 352 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 354 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.69 
 
 		 328 aa  193  3e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  35.92 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  35.9 
 
 		 354 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  35.9 
 
 		 354 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.9 
 
 		 354 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.9 
 
 		 354 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  35.16 
 
 		 346 aa  192  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.9 
 
 		 354 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.9 
 
 		 354 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  35.81 
 
 		 332 aa  192  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.64 
 
 		 343 aa  192  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.67 
 
 		 355 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.22 
 
 		 336 aa  191  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 		 322 aa  191  9e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.46 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.46 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.57 
 
 		 331 aa  190  2e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  35.92 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.92 
 
 		 327 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  35.92 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.29 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  37.1 
 
 		 337 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  37.82 
 
 		 338 aa  189  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.14 
 
 		 338 aa  189  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.7 
 
 		 347 aa  189  7e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.01 
 
 		 321 aa  188  8e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.41 
 
 		 333 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.19 
 
 		 353 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.41 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.9 
 
 		 354 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.63 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  35.37 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.1 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 		 341 aa  187  3e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  39.41 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  34.73 
 
 		 353 aa  186  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.94 
 
 		 332 aa  186  4e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  35.74 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  34.78 
 
 		 348 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 		 337 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.74 
 
 		 342 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 		 337 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.62 
 
 		 332 aa  186  5e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.37 
 
 		 356 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.74 
 
 		 324 aa  186  6e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  34.23 
 
 		 356 aa  186  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>