More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0374 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
295 aa  597  1e-170  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  55.52 
 
 
322 aa  335  3.9999999999999995e-91  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  46.46 
 
 
306 aa  267  2e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  46.46 
 
 
306 aa  267  2e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  44.64 
 
 
301 aa  228  8e-59  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.75 
 
 
321 aa  215  7e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.41 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  36.72 
 
 
325 aa  206  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  35.1 
 
 
347 aa  203  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.67 
 
 
325 aa  202  5e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.11 
 
 
324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.05 
 
 
342 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38 
 
 
320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 
336 aa  196  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  35.33 
 
 
333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.27 
 
 
328 aa  195  7e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.86 
 
 
347 aa  195  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.27 
 
 
351 aa  194  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.53 
 
 
332 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  36.07 
 
 
352 aa  193  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.85 
 
 
354 aa  192  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.74 
 
 
328 aa  191  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.38 
 
 
327 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.86 
 
 
322 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  36.72 
 
 
322 aa  188  9e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.22 
 
 
319 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.69 
 
 
326 aa  186  4e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.03 
 
 
358 aa  186  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  36.42 
 
 
348 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.81 
 
 
353 aa  186  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.34 
 
 
347 aa  186  5e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.81 
 
 
318 aa  185  6e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.22 
 
 
348 aa  185  7e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.58 
 
 
343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.21 
 
 
326 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.21 
 
 
326 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.82 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.27 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.18 
 
 
337 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.19 
 
 
341 aa  182  4.0000000000000006e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.53 
 
 
343 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  36.08 
 
 
335 aa  182  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  36.19 
 
 
335 aa  182  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 
332 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.49 
 
 
308 aa  181  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.83 
 
 
335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  38.05 
 
 
307 aa  179  2.9999999999999997e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  35.92 
 
 
332 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.11 
 
 
333 aa  179  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.14 
 
 
354 aa  179  4e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  33.66 
 
 
326 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.33 
 
 
308 aa  179  4.999999999999999e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 
347 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.19 
 
 
326 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  35.86 
 
 
322 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  38.59 
 
 
307 aa  179  7e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.25 
 
 
333 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.33 
 
 
333 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.53 
 
 
336 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.48 
 
 
352 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.37 
 
 
331 aa  177  1e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
333 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  35.74 
 
 
350 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 
333 aa  177  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.29 
 
 
317 aa  177  2e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.16 
 
 
305 aa  177  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  35.28 
 
 
332 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.37 
 
 
317 aa  177  3e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  35.28 
 
 
332 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  35.86 
 
 
337 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.28 
 
 
352 aa  176  4e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.42 
 
 
337 aa  176  4e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  33.22 
 
 
328 aa  176  4e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.05 
 
 
346 aa  176  5e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  34.97 
 
 
356 aa  175  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.08 
 
 
320 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.54 
 
 
335 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  34.63 
 
 
355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.66 
 
 
357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.64 
 
 
355 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.43 
 
 
337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  34.08 
 
 
330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.93 
 
 
334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.06 
 
 
347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.92 
 
 
331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.64 
 
 
355 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.71 
 
 
332 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.95 
 
 
354 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  37.79 
 
 
310 aa  172  5e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  34.95 
 
 
354 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.95 
 
 
354 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  34.95 
 
 
354 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.95 
 
 
354 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.95 
 
 
354 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.66 
 
 
381 aa  172  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.98 
 
 
324 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.98 
 
 
324 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.04 
 
 
330 aa  172  6.999999999999999e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>