More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0368 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
322 aa  667    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  55.52 
 
 
295 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  52.81 
 
 
306 aa  301  1e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  52.81 
 
 
306 aa  301  1e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  41.13 
 
 
301 aa  204  2e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.95 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.29 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  36.01 
 
 
347 aa  192  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.88 
 
 
325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.89 
 
 
324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  32.61 
 
 
333 aa  183  3e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.64 
 
 
342 aa  179  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  35.48 
 
 
325 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.3 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  32.79 
 
 
320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 
358 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.89 
 
 
351 aa  172  9e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
333 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  31.65 
 
 
331 aa  171  1e-41  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  34.33 
 
 
329 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.9 
 
 
317 aa  170  3e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  35.62 
 
 
335 aa  170  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  33.02 
 
 
322 aa  170  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  34.85 
 
 
324 aa  169  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  36.01 
 
 
319 aa  169  5e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.5 
 
 
326 aa  169  7e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.22 
 
 
332 aa  169  8e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  33.8 
 
 
333 aa  169  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  31.6 
 
 
317 aa  167  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.14 
 
 
321 aa  167  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  32.48 
 
 
322 aa  167  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  34.73 
 
 
335 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.74 
 
 
335 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  34.73 
 
 
335 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.67 
 
 
326 aa  165  8e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.67 
 
 
326 aa  165  8e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.59 
 
 
354 aa  165  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.46 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.79 
 
 
337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.75 
 
 
337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  34.08 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  33.76 
 
 
332 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  31.35 
 
 
326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  33.55 
 
 
352 aa  163  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.46 
 
 
308 aa  162  7e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  31.65 
 
 
350 aa  162  9e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.99 
 
 
322 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  32.27 
 
 
337 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.78 
 
 
305 aa  161  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.01 
 
 
343 aa  161  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.78 
 
 
352 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.77 
 
 
400 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  31.07 
 
 
336 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.44 
 
 
354 aa  160  3e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0390  nifR3 family TIM-barrel protein  31.51 
 
 
322 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000241249  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.01 
 
 
336 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.8 
 
 
326 aa  159  6e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  32.69 
 
 
332 aa  159  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.56 
 
 
308 aa  158  1e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
347 aa  158  1e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.9 
 
 
334 aa  157  2e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  30.34 
 
 
333 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  32.26 
 
 
332 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.97 
 
 
327 aa  157  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.63 
 
 
341 aa  157  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4118  nifR3 family TIM-barrel protein  31.8 
 
 
322 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169739  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.25 
 
 
348 aa  156  4e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.25 
 
 
327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 
328 aa  155  6e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  32.57 
 
 
328 aa  155  7e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  33.66 
 
 
331 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 
346 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.88 
 
 
329 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.1 
 
 
345 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.11 
 
 
318 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  31.73 
 
 
337 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.46 
 
 
348 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  31.73 
 
 
337 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.15 
 
 
323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  33.68 
 
 
338 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.02 
 
 
347 aa  153  4e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  30.75 
 
 
347 aa  153  4e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.8 
 
 
337 aa  153  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.15 
 
 
348 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.72 
 
 
330 aa  152  7e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.29 
 
 
332 aa  152  7e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  31.45 
 
 
348 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.25 
 
 
334 aa  151  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.15 
 
 
346 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  32.21 
 
 
307 aa  152  1e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  31.73 
 
 
322 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  32.41 
 
 
330 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.65 
 
 
332 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  31.09 
 
 
337 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.33 
 
 
332 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.91 
 
 
327 aa  149  4e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
332 aa  149  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  30.87 
 
 
322 aa  150  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000101066  normal  0.0204748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>