More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1670 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 400 aa  793    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.34 
 
 		 379 aa  452  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.37 
 
 		 394 aa  443  1e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  64.19 
 
 		 373 aa  430  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.36 
 
 		 393 aa  428  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  62.76 
 
 		 391 aa  422  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  57.77 
 
 		 419 aa  424  1e-117  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  63.83 
 
 		 386 aa  421  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  63.93 
 
 		 379 aa  424  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.27 
 
 		 398 aa  418  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.72 
 
 		 400 aa  411  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.92 
 
 		 394 aa  410  1e-113  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  59.69 
 
 		 436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.9 
 
 		 406 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  57.58 
 
 		 392 aa  405  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  64.08 
 
 		 368 aa  404  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.78 
 
 		 392 aa  399  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  59.42 
 
 		 388 aa  397  1e-109  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  55.58 
 
 		 455 aa  393  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.14 
 
 		 397 aa  388  1e-107  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  55.97 
 
 		 415 aa  382  1e-105  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  57.55 
 
 		 389 aa  379  1e-104  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.07 
 
 		 380 aa  381  1e-104  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.78 
 
 		 442 aa  377  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  57.18 
 
 		 377 aa  376  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.25 
 
 		 396 aa  370  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  59.14 
 
 		 370 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  59.14 
 
 		 370 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  59.14 
 
 		 370 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.22 
 
 		 384 aa  351  1e-95  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  49.87 
 
 		 414 aa  348  9e-95  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.65 
 
 		 347 aa  247  2e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.84 
 
 		 322 aa  242  7e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 319 aa  236  6e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.05 
 
 		 328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.86 
 
 		 326 aa  226  7e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.86 
 
 		 326 aa  226  7e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 		 322 aa  225  9e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.31 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 		 333 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.37 
 
 		 325 aa  220  3e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40 
 
 		 351 aa  220  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35 
 
 		 320 aa  219  5e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.04 
 
 		 325 aa  219  7e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.49 
 
 		 321 aa  219  7e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.13 
 
 		 348 aa  217  4e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.39 
 
 		 333 aa  216  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.32 
 
 		 332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.21 
 
 		 342 aa  216  7e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.08 
 
 		 333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.27 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  34.77 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.18 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.12 
 
 		 346 aa  210  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 		 318 aa  211  3e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.97 
 
 		 329 aa  211  3e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.2 
 
 		 324 aa  208  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37 
 
 		 320 aa  208  1e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.04 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.48 
 
 		 354 aa  208  1e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.22 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.84 
 
 		 325 aa  208  2e-52  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.96 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.12 
 
 		 332 aa  208  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.65 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.96 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.19 
 
 		 332 aa  206  5e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 		 332 aa  206  6e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.69 
 
 		 334 aa  206  8e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 		 332 aa  206  9e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.19 
 
 		 332 aa  206  9e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.27 
 
 		 352 aa  205  1e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.29 
 
 		 337 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.89 
 
 		 343 aa  204  3e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.2 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.5 
 
 		 331 aa  203  6e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.86 
 
 		 324 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.86 
 
 		 324 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.88 
 
 		 332 aa  202  8e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.25 
 
 		 335 aa  202  9e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.31 
 
 		 343 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.27 
 
 		 353 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.95 
 
 		 332 aa  202  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.69 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.42 
 
 		 332 aa  201  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.2 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  37.66 
 
 		 335 aa  196  5.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.7 
 
 		 347 aa  196  7e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.96 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.44 
 
 		 336 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.74 
 
 		 341 aa  195  1e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.44 
 
 		 336 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  37.66 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.03 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.96 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.2 
 
 		 331 aa  193  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>