More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3432 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  94.02 
 
 		 391 aa  679    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 368 aa  738    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.47 
 
 		 379 aa  521  1e-146  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.98 
 
 		 394 aa  493  9.999999999999999e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.23 
 
 		 379 aa  451  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.89 
 
 		 393 aa  447  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.08 
 
 		 400 aa  441  1e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.66 
 
 		 380 aa  436  1e-121  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.59 
 
 		 436 aa  436  1e-121  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.95 
 
 		 442 aa  432  1e-120  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.81 
 
 		 398 aa  429  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  60.37 
 
 		 455 aa  429  1e-119  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.43 
 
 		 406 aa  431  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.42 
 
 		 400 aa  430  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.07 
 
 		 388 aa  429  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.98 
 
 		 394 aa  427  1e-118  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  61.62 
 
 		 373 aa  422  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.68 
 
 		 415 aa  422  1e-117  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.18 
 
 		 419 aa  416  9.999999999999999e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  60.37 
 
 		 389 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.8 
 
 		 397 aa  414  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  60.9 
 
 		 370 aa  413  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  60.9 
 
 		 370 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  60.9 
 
 		 370 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  61.3 
 
 		 386 aa  410  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  60.11 
 
 		 377 aa  408  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  59.52 
 
 		 392 aa  403  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.19 
 
 		 392 aa  400  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  54.96 
 
 		 414 aa  391  1e-108  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.04 
 
 		 396 aa  387  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.54 
 
 		 384 aa  371  1e-101  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  42.45 
 
 		 319 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.54 
 
 		 328 aa  235  8e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.12 
 
 		 322 aa  230  4e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.99 
 
 		 324 aa  227  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 		 347 aa  226  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.56 
 
 		 322 aa  226  7e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  38.73 
 
 		 335 aa  221  9.999999999999999e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.68 
 
 		 333 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.29 
 
 		 332 aa  216  5e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.66 
 
 		 332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.16 
 
 		 326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.16 
 
 		 326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 332 aa  212  7e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 		 324 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  33.64 
 
 		 325 aa  212  7.999999999999999e-54  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 		 324 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.03 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.64 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.46 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.03 
 
 		 332 aa  209  7e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.03 
 
 		 332 aa  209  7e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.22 
 
 		 328 aa  209  8e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.32 
 
 		 332 aa  208  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  39.43 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  38.49 
 
 		 334 aa  207  3e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.61 
 
 		 353 aa  206  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  33.96 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.08 
 
 		 321 aa  202  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.22 
 
 		 333 aa  202  9e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.44 
 
 		 333 aa  200  3e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.25 
 
 		 330 aa  200  3.9999999999999996e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.28 
 
 		 333 aa  199  7e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.23 
 
 		 321 aa  199  7e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  37.01 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  36.96 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.25 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.23 
 
 		 326 aa  197  3e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  37 
 
 		 352 aa  197  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  32.8 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  36.27 
 
 		 327 aa  196  6e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.87 
 
 		 346 aa  196  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 		 347 aa  196  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.31 
 
 		 334 aa  196  7e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  35.82 
 
 		 356 aa  196  8.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.39 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.89 
 
 		 343 aa  194  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.66 
 
 		 342 aa  193  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.09 
 
 		 343 aa  193  4e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.54 
 
 		 370 aa  193  4e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  39.12 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.19 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.57 
 
 		 343 aa  191  1e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.16 
 
 		 381 aa  192  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  35.8 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.99 
 
 		 347 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.22 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.46 
 
 		 334 aa  190  4e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.59 
 
 		 325 aa  190  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.69 
 
 		 346 aa  189  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.47 
 
 		 337 aa  189  5e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.57 
 
 		 353 aa  189  8e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.51 
 
 		 351 aa  189  9e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.89 
 
 		 355 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.93 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.63 
 
 		 341 aa  188  1e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>