More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Achl_1372 on replicon NC_011886
Organism: Arthrobacter chlorophenolicus A6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 392 aa  786    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  94.64 
 
 		 392 aa  733    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  74.94 
 
 		 436 aa  585  1e-166  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  72.31 
 
 		 442 aa  530  1e-149  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.07 
 
 		 380 aa  518  1e-146  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  65.53 
 
 		 406 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.33 
 
 		 400 aa  512  1e-144  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.23 
 
 		 397 aa  504  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  66.4 
 
 		 388 aa  498  1e-140  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.15 
 
 		 419 aa  488  1e-137  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.88 
 
 		 415 aa  468  1.0000000000000001e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  60.79 
 
 		 373 aa  442  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.47 
 
 		 398 aa  433  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.22 
 
 		 379 aa  433  1e-120  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.63 
 
 		 393 aa  425  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.78 
 
 		 400 aa  417  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  60 
 
 		 391 aa  409  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.65 
 
 		 379 aa  409  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.84 
 
 		 396 aa  409  1e-113  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.4 
 
 		 394 aa  398  9.999999999999999e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.13 
 
 		 394 aa  397  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  51.87 
 
 		 414 aa  396  1e-109  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  57.56 
 
 		 386 aa  395  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.03 
 
 		 384 aa  383  1e-105  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  54.85 
 
 		 455 aa  379  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  61.19 
 
 		 368 aa  381  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  55.25 
 
 		 389 aa  371  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  54.85 
 
 		 377 aa  365  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  55.56 
 
 		 370 aa  356  2.9999999999999997e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.56 
 
 		 370 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  55.56 
 
 		 370 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.89 
 
 		 347 aa  246  6.999999999999999e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.58 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.41 
 
 		 328 aa  238  2e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.44 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.85 
 
 		 326 aa  227  3e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.85 
 
 		 326 aa  227  3e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.96 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.32 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.95 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.65 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.87 
 
 		 324 aa  218  2e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.65 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  35.37 
 
 		 325 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 		 333 aa  217  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.34 
 
 		 332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.57 
 
 		 318 aa  215  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.34 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.89 
 
 		 333 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.61 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.09 
 
 		 334 aa  213  5.999999999999999e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.99 
 
 		 322 aa  212  9e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.35 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.74 
 
 		 328 aa  210  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.7 
 
 		 350 aa  210  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.77 
 
 		 324 aa  210  4e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.92 
 
 		 325 aa  209  6e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.45 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.45 
 
 		 332 aa  208  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.4 
 
 		 333 aa  208  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.35 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.91 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.67 
 
 		 353 aa  205  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  39.12 
 
 		 351 aa  204  2e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.27 
 
 		 342 aa  203  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  35.8 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.59 
 
 		 328 aa  203  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.97 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.61 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.93 
 
 		 354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.25 
 
 		 346 aa  201  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 321 aa  200  5e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.38 
 
 		 338 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.3 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.49 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.96 
 
 		 370 aa  197  3e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.9 
 
 		 333 aa  196  8.000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.45 
 
 		 357 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.92 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.86 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.25 
 
 		 352 aa  194  2e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  36.7 
 
 		 338 aa  194  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  34.53 
 
 		 308 aa  194  3e-48  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  36.82 
 
 		 327 aa  194  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.62 
 
 		 334 aa  194  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  34.28 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.81 
 
 		 325 aa  193  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  37.85 
 
 		 337 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.46 
 
 		 332 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.12 
 
 		 326 aa  192  6e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  35.71 
 
 		 319 aa  192  7e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.41 
 
 		 331 aa  192  8e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>