More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_10838 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  100 
 
 		 389 aa  786    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  81.75 
 
 		 455 aa  621  1e-177  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  82.49 
 
 		 377 aa  605  9.999999999999999e-173  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  83.51 
 
 		 370 aa  594  1e-169  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  83.51 
 
 		 370 aa  594  1e-169  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  83.24 
 
 		 370 aa  592  1e-168  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  75.93 
 
 		 394 aa  585  1e-166  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.1 
 
 		 396 aa  554  1e-156  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  68.95 
 
 		 379 aa  511  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.4 
 
 		 393 aa  507  9.999999999999999e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.05 
 
 		 398 aa  451  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.16 
 
 		 379 aa  432  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.88 
 
 		 406 aa  425  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.76 
 
 		 419 aa  427  1e-118  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  59.14 
 
 		 388 aa  412  1e-114  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.12 
 
 		 380 aa  411  1e-114  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  58.57 
 
 		 391 aa  411  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.24 
 
 		 400 aa  410  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.32 
 
 		 394 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.95 
 
 		 436 aa  404  1e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  58.02 
 
 		 373 aa  399  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  56.51 
 
 		 415 aa  399  9.999999999999999e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  60.37 
 
 		 368 aa  392  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.47 
 
 		 397 aa  393  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.55 
 
 		 400 aa  394  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.73 
 
 		 442 aa  372  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  54.74 
 
 		 386 aa  369  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.25 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  54.14 
 
 		 392 aa  358  7e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  48.75 
 
 		 414 aa  352  8e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.3 
 
 		 384 aa  348  9e-95  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.49 
 
 		 328 aa  235  1.0000000000000001e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.21 
 
 		 319 aa  227  3e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.21 
 
 		 322 aa  224  2e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.27 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.46 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.96 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.96 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.72 
 
 		 347 aa  218  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.7 
 
 		 333 aa  218  2e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36 
 
 		 320 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.57 
 
 		 332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.96 
 
 		 332 aa  216  7e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.68 
 
 		 353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.84 
 
 		 332 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.96 
 
 		 332 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.96 
 
 		 332 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 		 332 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.65 
 
 		 332 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.93 
 
 		 321 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 		 332 aa  212  1e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.94 
 
 		 325 aa  211  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 333 aa  209  6e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.96 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.93 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  40.89 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  33.33 
 
 		 325 aa  206  6e-52  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.69 
 
 		 322 aa  206  6e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.3 
 
 		 327 aa  205  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.5 
 
 		 318 aa  205  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.95 
 
 		 337 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.47 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 		 370 aa  204  3e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.14 
 
 		 328 aa  202  7e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 		 324 aa  202  8e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 		 324 aa  202  8e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  35.78 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.76 
 
 		 326 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  34.53 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.96 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.22 
 
 		 320 aa  200  3.9999999999999996e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.36 
 
 		 332 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.69 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.25 
 
 		 350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.23 
 
 		 346 aa  195  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.14 
 
 		 346 aa  195  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.62 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  40.51 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.97 
 
 		 381 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  39.27 
 
 		 327 aa  194  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.25 
 
 		 351 aa  194  3e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.95 
 
 		 335 aa  193  4e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  35.49 
 
 		 343 aa  192  6e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 		 337 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 		 353 aa  192  8e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 		 355 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.24 
 
 		 327 aa  192  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  39.55 
 
 		 337 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.12 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.12 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  36.76 
 
 		 356 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.03 
 
 		 337 aa  189  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.94 
 
 		 343 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>